A Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa é responsável pelo planejamento e acompanhamento das atividades de pós-graduação e de investigação científica na Unifesp. Para o cumprimento de seus objetivos dispõe de quatro coordenadorias (Pós-Graduação, Pesquisa, Cientometria e Gestão da Informação e Programas e Projetos Internacionais), com atribuições específicas, e de uma unidade auxiliar – o Escritório Institucional de Apoio ao Pesquisador (EIAP) –, destinada ao gerenciamento de verbas institucionais e à orientação dos pesquisadores relativamente à captação de recursos, análise de dados e prestação de contas de projetos.
Os programas de pós-graduação oferecidos pela Unifesp – que abrangem, entre outras áreas, as ciências da saúde, biológicas, exatas e humanas – foram formalmente reconhecidos a partir de 1970, fator que contribuiu de modo significativo para o avanço das ações de pesquisa. Em nível nacional e internacional, a Unifesp é considerada como centro de excelência na produção científica e na formação de mestres e doutores, os quais têm sido também absorvidos por importantes instituições de ensino superior.
A missão da pós-graduação na Unifesp consiste em garantir a alta qualificação de pesquisadores e docentes de nível superior; contribuir para o avanço do conhecimento científico e tecnológico; preparar lideranças capazes de organizar equipes interdisciplinares e multiprofissionais, exercendo suas atividades nesse contexto; formar profissionais aptos a colaborar em processos de inovação; e formar cidadãos que demonstrem visão crítica, contribuindo – mediante sua atuação – para o desenvolvimento humano e social.