Fernando Martins Antoneli Junior nacionalidade brasileira

Instituto de Ciência e Tecnologia

Programa de Pós-Graduação: Matemática Pura e Aplicada

E-Mail: fernando.antoneli@unifesp.br


43
15
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De 2015 a 2024
Trabalhos publicados
Participações em projetos

Resumo

Bacharel em Matemática pela Universidade de São Paulo (1995), mestre em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1998), doutor em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (2002) e Livre Docente em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (2010). Tem experiência nas áreas de Matemática Aplicada, Bioinformática e Bioestatística. Atuante, principalmente, nos seguintes temas: formação de padrões através quebras de simetria e quebras de sincronia em sistemas dinâmicos e suas aplicações em biomatemática; processos estocásticos aplicados à modelagem de evolução viral e expressão gênica; bioinformática e genômica estatística com aplicações em biologia molecular.

Fonte: Lattes CNPq

Nomes em citações bibliográficas

ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO;ANTONELI;FERNANDO ANTONELI;ANTONELI, FENANDO;FERNANDO M. ANTONELI;ANTONELI, FERNANDO M.


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Formação

  • Livre Docência

    Simetria, Dinâmica e Aplicações

    Matemática Aplicada

    Universidade de São Paulo

    Concluído em 2010

  • Doutorado em Matemática Aplicada

    Grupos Finitos e Quebra de Simetria no Código Genético

    Matemática Aplicada

    Orientação: Frank Michael Forger

    Universidade de São Paulo

      Desde 2002

  • Mestrado em Matemática Aplicada

    Subalgebras Maximais das Álgebra de Lie Semisimples, Quebra de Simetria e o Código Genético

    Matemática Aplicada

    Orientação: Frank Michael Forger

    Universidade de São Paulo

    1996 a 1998

  • Graduação em Matemática

    Universidade de São Paulo

    1991 a 1995

  • Produção


    2022


    • Homeostasis in Networks with Multiple Input Nodes and Robustness in Bacterial Chemotaxis (2022)

      Artigo publicado

      Autores: João Luiz de Oliveira Madeira; Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: Journal of Nonlinear Science , v. 32 , p. 37

    • Right Network-Preserving Diffeomorphisms (2022)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ian Stewart

      Conteúdo completo

      Fonte: JOURNAL OF SINGULARITIES , v. 25 , p. 1 - Extrato QUALIS: B3

    • The epitranscriptome of Vero cells infected with SARS-CoV-2 assessed by direct RNA sequencing reveals m6A pattern changes and DRACH motif biases in viral and cellular RNAs (2022)

      Artigo publicado

      Autores: João Henrique Coelho Campos; Gustavo V. Alves; Juliana T. Maricato; Carla T. Braconi; Fernando Martins Antoneli Junior; Luiz Mario Ramos Janini; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , v. 12 , p. 906578 - Extrato QUALIS: A2

    • Whole-genome analysis of monozygotic Brazilian twins discordant for type 1 narcolepsy: a case report (2022)

      Artigo publicado

      Autores: João Henrique Coelho Campos; Ana C. R. Aguilar; Fernando Martins Antoneli Junior; Giselle Truzzi; Marcelo Ribeiro da Silva Briones; Renata Carmona e Ferreira; Fernando M. S. Coelho

      Conteúdo completo

      Fonte: BMC Neurology , v. 22 , p. 439 - Extrato QUALIS: A4


    2021


    • The structure of infinitesimal homeostasis in input-output networks (2021)

      Artigo publicado

      Autores: Yangyang Wang; Zhengyuan Huang; Fernando Martins Antoneli Junior; Martin Golubitsky

      Conteúdo completo

      Fonte: JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY , v. 82 , p. 62 - Extrato QUALIS: A2

    • Push-forward method for piecewise deterministic biochemical simulations (2021)

      Artigo publicado

      Autores: Guilherme C. P. Innocentini; Arran Hodgkinson; Fernando Martins Antoneli Junior; Arnaud Debussche; Ovidiu Radulescu

      Conteúdo completo

      Fonte: THEORETICAL COMPUTER SCIENCE , v. 893 , p. 17 - Extrato QUALIS: A2

    • Direct RNA Sequencing Reveals SARS-CoV-2 m6A Sites and Possible Differential DRACH Motif Methylation among Variants (2021)

      Artigo publicado

      Autores: João Henrique Coelho Campos; Juliana T. Maricato; Carla T. Braconi; Fernando Martins Antoneli Junior; Luiz Mario Ramos Janini; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: Viruses-Basel , v. 13 , p. 2108 - Extrato QUALIS: A2

    • Research Article Temporal data series and logistic models reveal the dynamics of SARS-CoV-2 spike protein D614G variant in the COVID-19 pandemic (2021)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Taima Furuyama; Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello; Marcelo Ribeiro da Silva Briones; Luiz Mario Ramos Janini

      Conteúdo completo

      Fonte: GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH , v. 20 , p. gmr18960 - Extrato QUALIS: B2

    • Research Article Impact of ancient oxygen levels on mitochondrial genome evolution inferred by supertrees, supermatrices, and relaxed molecular clocks (2021)

      Artigo publicado

      Autores: Luciano R. Lopes; Renata Carmona e Ferreira; Fernando Martins Antoneli Junior; Paulo Bandiera Paiva; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH , v. 20 , p. gmr18485 - Extrato QUALIS: B2


    2020


    • Input-Output Networks, Singularity Theory, and Homeostasis (2020)

      Capítulo de livro publicado

      Autores: Martin Golubitsky; Ian Stewart; Fernando Martins Antoneli Junior; Zhengyuan Huang; Yangyang Wang

      Conteúdo completo

      Fonte: Studies in Systems, Decision and Control , p. 31

    • Comparative Analysis of the Secretome and Interactome of Trypanosoma cruzi and Trypanosoma rangeli Reveals Species Specific Immune Response Modulating Proteins (2020)

      Artigo publicado

      Autores: Renata Watanabe Costa; Ludmila Rodrigues Pinto Ferreira; Fernando Martins Antoneli Junior; Diana Bahia; Marina Ferreira Batista; Isabela Meneghelli; Ramon Oliveira Vidal; Carlos Alcides Nájera; Ana Clara Mendes; Izabela Augusta Andrade-Lima; José Franco da Silveira; Luciano R. Lopes

      Conteúdo completo

      Fonte: Frontiers in Immunology , v. 11 , p. 1774 - Extrato QUALIS: A2


    2019


    • Effective Computational Methods for Hybrid Stochastic Gene Networks (2019)

      Capítulo de livro publicado

      Autores: Guilherme C. P. Innocentini; Fernando Martins Antoneli Junior; Arran Hodgkinson; Ovidiu Radulescu

      Conteúdo completo

      Fonte: Lecture Notes in Computer Science , p. 60


    2018


    • Homeostasis in a feed forward loop gene regulatory motif (2018)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Martin Golubitsky; Ian Stewart

      Conteúdo completo

      Fonte: JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY , v. 445 , p. 103 - Extrato QUALIS: A1

    • A Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock based on Bayesian ensembles of phylogenies (2018)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Fernando Marcon Passos; Luciano R. Lopes; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: PLoS One , v. 13 , p. e0190826 - Extrato QUALIS: A1

    • Stochastic Modeling and Simulation of Viral Evolution (2018)

      Artigo publicado

      Autores: Luiza Guimarães Fabreti; Diogo Castro dos Santos; Bruno Zanardo Gorzoni; Luiz Mario Ramos Janini; Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: Bulletin of Mathematical Biology , v. 81 , p. 1031


    2016


    • A model of gene expression based on random dynamical systems reveals modularity properties of gene regulatory networks (2016)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Renata Carmona e Ferreira; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: Mathematical Biosciences , v. 276 , p. 82 - Extrato QUALIS: A3

    • Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage (2016)

      Artigo publicado

      Autores: Jean Paulo Zukurov; Sieberth Nascimento Brito; Angela C. Volpini; Guilherme C. Oliveira; Luiz Mario Ramos Janini; Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: Algorithms for Molecular Biology , v. 11 , p. 2 - Extrato QUALIS: A2


    2015


    • Protein Synthesis Driven by Dynamical Stochastic Transcription (2015)

      Artigo publicado

      Autores: Guilherme C. P. Innocentini; Frank Michael Forger; Ovidiu Radulescu; Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: Bulletin of Mathematical Biology (Print) , v. 78 , p. 110 - Extrato QUALIS: A3

    • MIA: Mutual Information Analyzer, a graphic user interface program that calculates entropy, vertical and horizontal mutual information of molecular sequence sets (2015)

      Artigo publicado

      Autores: Flavio Lichtenstein; Fernando Martins Antoneli Junior; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: BMC Bioinformatics , v. 16 , p. 409 - Extrato QUALIS: A1

    • HIV-1 Tropism Determines Different Mutation Profiles in Proviral DNA (2015)

      Artigo publicado

      Autores: Sieberth Nascimento Brito; Luiz Mario Ramos Janini; Jean Paulo Zukurov; Juliana T. Maricato; Angela C. Volpini; Anna C. M. Salim; Flávio M. G. Araújo; Roney Santos Coimbra; Guilherme C. Oliveira; Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: Plos One , v. 10 , p. e0139037 - Extrato QUALIS: A1


    2013


    • VIRAL EVOLUTION AND ADAPTATION AS A MULTIVARIATE BRANCHING PROCESS (2013)

      Trabalhos em eventos

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; BOSCO, FRANCISCO; Diogo Castro dos Santos; MARIO JANINI, LUIZ

      Conteúdo completo

      Fonte: BIOMAT 2012 , p. 217

    • The hidden factors in impact factors: a perspective from Brazilian science (2013)

      Artigo publicado

      Autores: Renata Carmona e Ferreira; Fernando Martins Antoneli Junior; Marcelo Ribeiro da Silva Briones

      Conteúdo completo

      Fonte: Frontiers in Genetics , v. 4 , p. 1 - Extrato QUALIS: A4

    • Virus Replication as a Phenotypic Version of Polynucleotide Evolution (2013)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Francisco de Assis Ribas Bosco; Diogo Castro dos Santos; Luiz Mario Ramos Janini

      Conteúdo completo

      Fonte: Bulletin of Mathematical Biology (Print) , v. 75 , p. 602 - Extrato QUALIS: A3


    2012


    • Maximal Subgroups of Compact Lie Groups (2012)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Frank Michael Forger; Paola Gaviria

      Fonte: Journal of Lie Theory , v. 22 , p. 949 - Extrato QUALIS: B2


    2011


    • Symmetry breaking in the genetic code: Finite groups (2011)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Frank Michael Forger

      Conteúdo completo

      Fonte: Mathematical and Computer Modelling , v. 53 , p. 1469

    • Coupled cell networks: Hopf bifurcation and interior symmetry (2011)

      Capítulo de livro publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Rui Castanheira Paiva

      Conteúdo completo

      Fonte: Proceedings of the 8th AIMS International Conference on Dynamical Systems and Differential Equations, 2011, Dresden, Germany , p. 71


    2010


    • Quasi-periodic States in Coupled Rings of Cells (2010)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Carla M. A. Pinto

      Conteúdo completo

      Fonte: Communications in Nonlinear Science & Numerical Simulation , v. 15 , p. 1048 - Extrato QUALIS: A1

    • On Amino Acid and Codon Assignment in Algebraic Models for the Genetic Code (2010)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Paola Gaviria; Frank Michael Forger; José Eduardo Martinho Hornos

      Conteúdo completo

      Fonte: International Journal of Modern Physics B , v. 24 , p. 435 - Extrato QUALIS: B2

    • Bifurcations in Dynamical Systems with Interior Symmetry (2010)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior

      Conteúdo completo

      Fonte: DYNAMICAL SYSTEMS-AN INTERNATIONAL JOURNAL , v. 25 , p. 239 - Extrato QUALIS: B1


    2009


    • Invariant theory and reversible-equivariant vector fields (2009)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Patrícia Hernandez Baptistelli; Ana Paula S. Dias; Míriam Garcia Manoel

      Conteúdo completo

      Fonte: Journal of Pure and Applied Algebra (Print) , v. 213 , p. 649 - Extrato QUALIS: A3


    2008


    • Rich Phenomena in a Network of Two Rings Coupled Through a `Buffer Cell (2008)

      Trabalhos em eventos

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Carla M. A. Pinto

      Fonte: Proceedings of the 2nd Conference on Nonlinear Science and Complexity , p. 1

    • New Phenomena in Coupled Rings of Cells (2008)

      Trabalhos em eventos

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Carla M. A. Pinto

      Fonte: Proceedings of the 3rd IFAC Workshop on Fractional Differentiation and its Applications , p. 1

    • Symmetry and synchrony in coupled cell networks 3: exotic patterns (2008)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ian Stewart

      Conteúdo completo

      Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF BIFURCATION AND CHAOS , v. 18 , n. 4 , p. 363 - Extrato QUALIS: A3

    • Hopf Bifurcation in Coupled Cell Network with Interior Symmetries (2008)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Rui Castanheira Paiva

      Conteúdo completo

      Fonte: SIAM Journal on Applied Dynamical Systems , v. 7 , p. 220 - Extrato QUALIS: A2

    • Invariants, equivariants and characters in symmetric bifurcation theory (2008)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Paul C. Matthews

      Conteúdo completo

      Fonte: Proceedings of the Royal Society of Edinburgh: Section A Mathematics , v. 138 , p. 477


    2007


    • Simetria Euclidiana e Formação de Padrões (2007)

      Trabalhos em eventos

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior

      Fonte: Atas do 66º Seminário Brasileiro de Análise , p. 1

    • Symmetry and synchrony in coupled cell networks 2: group networks (2007)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ian Stewart

      Conteúdo completo

      Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF BIFURCATION AND CHAOS , v. 17 , p. 935 - Extrato QUALIS: A3

    • Synchrony in Lattice Differential Equations (2007)

      Capítulo de livro publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Martin Golubitsky; Yunjiao Wang

      Conteúdo completo

      Fonte: Series in Contemporary Applied Mathematics , p. 43


    2006


    • Symmetry and synchrony in coupled cell networks 1: fixed point spaces (2006)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ian Stewart

      Conteúdo completo

      Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF BIFURCATION AND CHAOS , v. 16 , n. 3 , p. 559 - Extrato QUALIS: A3

    • Flow invariant subspaces for lattice dynamical systems (2006)

      Capítulo de livro publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Martin Golubitsky; Yunjiao Wang

      Fonte: Bifurcation Theory and Spatio-Temporal Pattern Formation , p. 1


    2005


    • Patterns of synchrony in lattice dynamical systems (2005)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Ana Paula S. Dias; Martin Golubitsky; Yunjiao Wang

      Fonte: NONLINEARITY , v. 18 , p. 2193 - Extrato QUALIS: A2


    2004


    • The Search for Symmetries in the Genetic Code: Finite Groups (2004)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Frank Michael Forger; José Eduardo Martinho Hornos

      Conteúdo completo

      Fonte: Modern Physics Letters B , v. 18 , n. 18 , p. 971 - Extrato QUALIS: B1


    2003


    • Extending the Search for Symmetries in the Genetic Code (2003)

      Artigo publicado

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior; Lígia Braggion; Frank Michael Forger; José Eduardo Martinho Hornos

      Conteúdo completo

      Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS B , v. 17 , n. 17 , p. 3135 - Extrato QUALIS: B2

    Atuações

    University of Houston

    • Post-doctoral Associate

      2003 a 2004

    Universidade Paulista

    • Professor Auxiliar

      1996 a 1997

    Universidade Federal de São Paulo

    • Professor Associado 4

      Desde 2009

    Universidade de São Paulo

    • Pós-Doutorando

      Bolsista recém-doutor

      2004 a 2006

    • Pós-Doutorando

      Bolsista recém-doutor

      2007 a 2008

    • Aluno

      Estudante de Mestrado

      1995 a 1998

    • Aluno

      Estudante de Doutorado

      1998 a 2002

    Universidade do Porto

    • Pós-doutorando

      Professor vistante

      2006 a 2007

    Proceedings. Section A. Mathematics

    • Revisor de periódico

      Desde 2009

    Discrete and Continuous Dynamical Systems

    • Revisor de periódico

      Desde 2008

    Mathematical Reviews

    • Revisor de periódico

      Desde 2009

    (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

    • Revisor de projeto de fomento

      2010 a 2015

    Transactions of the American Mathematical Society

    • Revisor de periódico

      Desde 2013

    Journal of Mathematical Analysis and Applications (Online)

    • Revisor de periódico

      Desde 2013

    Plos One

    • Revisor de periódico

      Desde 2014

    Nonlinearity

    • Revisor de periódico

      Desde 2016

    Bioinformatics

    • Revisor de periódico

      Desde 2017

    FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY

    • Revisor de periódico

      Desde 2019

    Ensino

    Orientações e supervisões

    Tese de doutorado em andamento

    • Misaki Yamada Sittoni

      Modelo matemático para a regulação da concentração de colesterol intracelular livre em diferentes tipos celulares

      Matemática Aplicada

      Universidade de São Paulo

      Desde 2021

    Tese de doutorado concluídas

    • Bruno Gorzoni

      Estudo da Influência das Partículas Defectivas Interferentes na Dinâmica viral Intra-Hospedeiro: Uma Abordagem Matemática e Computacional

      Infectologia

      Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2022

    • Taima Naomi Furuyama

      Análise da distribuição das alterações mutacionais do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro

      Infectologia

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2020

    • Diogo Santos Castro

      Modelagem matemática de evolução viral com recombinação

      Infectologia

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2017

    • Jean Paulo Lopes Zukurov

      Desenvolvimento de metodologia de analise para estimativa da diversidade genética populacional do HIV-1 através do sequenciamento de nova geração

      Infectologia

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2015

    • Flavio Lichtenstein

      Diferenciação de espécies de um mesmo organismo através de algoritmos de análise da entropia utilizando dados de sequências proteômicas conhecidas

      Gestão e Informática em Saúde

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2015

    • Rui Castanheira de Paiva

      Hopf bifurcation in coupled cell networks

      Matemática

      Fundação para a Ciência e a Tecnologia

      Universidade do Porto

      Concluído em 2008

    Dissertação de mestrado concluídas

    • Taimá Naomi Furuyama

      Modelagem matemática e computacional do gargalo de transmissão durante o estabelecimento da infecção pelo HIV

      Infectologia

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2019

    • Luiza Guimarâes Fabreti

      Método de aprendizado de máquina não supervisionado aplicado ao estudo da propagação de ciclo único do HIV em cultivo celular

      Infectologia

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2019

    • Cassia Ferreira Sampaio

      Invariantes e Equivariantes Relativos para Grupos de Lie Compactos

      Matemática Aplicada

      Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2017

    • Bruno Gorzoni

      Modelagem matemática e computacional da evolução viral e a entropia evolucionária como medida de robustez demográfica

      Infectologia

      Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2017

    • Antônio Edimar de Melo Junior

      Propriedades Combinatórias em Sistemas Dinâmicos em Rede

      Matemática Aplicada

      Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2017

    • Mariana Bernardo da Rocha

      Detecção de recombinantes do HIV em sequências da região 'pol' de bancos de dados e determinação de possíveis pontos de quebra

      Infectologia

      Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2015

    • Renata Watanabe Costa

      Secretoma e interactoma comparativo de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli

      Microbiologia e Imunologia

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2014

    • Paola Andrea Gaviria

      Subgrupos maximais de grupos de Lie compactos

      Matemática Aplicada

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade de São Paulo

      Concluído em 2006

    Gestão

    Universidade Federal de São Paulo

    • Coordenador Administrativo Edificio de Pesquisas 2 da UNIFESP

      Diretoria

        Desde 2022

    • Vice-coordenador do Centro de Bioinformática Médica

      Centro de Bioinformática Médica

    Pesquisa

    University of Houston

    Universidade Federal de São Paulo

    • Homeostase em Redes de Sistemas Dinâmicos Acoplados

      Na última década, Golubitsky, Stewart e colaboradores [ I STEWART, M GOLUBITSKY, M PIVATO , Symmetry groupoids and patterns of synchrony in coupled cell networks, SIAM J. Appl.Dynam. Sys. 2(4):609646, 2003; M GOLUBITSKY, I STEWART, A TOROK, Patterns of synchrony in coupled cell networks with multiple arrows, SIAM J. Appl. Dynam. Sys. 4(1):78100, 2005; M GOLUBITSKY, I STEWART, Nonlinear dynamics of networks: the groupoid formalism, Bull. Amer. Math. Soc. 43:305364, 2006] desenvolveram uma estrutura formal para o estudo de redes de EDOs acopladas. Uma rede de EDOs acopladas é descrita por um grafo direcionado cujos nós (vértices) e flechas (arestas) são classificados em "tipos". Os nós representam as variáveis de estado de uma EDO e setas entre nós representam acoplamentos entre o nó final e o nó inicial. Os nós do mesmo "tipo" têm os mesmos espaços de fase e as setas do mesmo "tipo" representam acoplamentos idênticos. Cada rede codifica um espaço de campos vetoriais admissíveis F, determinando assim as EDOs admissíveis dx/dt = F(x). Intuitivamente, estas são os EDOs que são "compatíveis" com os acoplamentos especificados pela rede, e respeitam os "tipos" de nós e de setas. Sistemas admissíveis codificam em forma de EDOs "quem está falando com quem" e quais nós são "idênticos" dentro da rede. Essa estrutura permite a formulação de conceitos e questões que não são bem definidos para um sistema de EDOs geral. Um exemplo básico é a noção de "sincronia". Um outro conceito que só faz sentido no contexto de EDOs acopladas é a noção de "homeostase". Neste projeto propomos investigar o fenômeno de homeostase, que é fundamental em biologia e bioquímica, no contexto da teoria de redes de sistemas dinâmicos acoplados.

      Desde 2019

    • Invariantes e Equivariantes Relativos para Grupos de Lie Compactos

      Desenvolver uma teoria geral e unificada sobre polinômios invariantes relativos e aplicações polinomiais equivariantes relativas, e seus aspectos computacionais, sob a ação linear de um grupo de Lie compacto (não necessariamente conexo), com enfase no caso particular dos polinômios anti-invariantes e das correspondentes aplicações polinomiais equivariantes relativas, que têm relevância para a teoria de bifurcações em sistemas dinâmicos reversíveis-equivariantes.

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, Martin Golubitsky, Ian Stewart, Misaki Yamada Sittoni

      2016 a 2018

    • Evolução Viral: Aspectos Teóricos e Experimentais

      Aspectos gerais de evolução viral, com ênfase em vírus RNA e retrovirus. Modelagem matemática e computacional de mecanismos fundamentais para evolução viral. Teoria de Quasespécies, suas extensões e generalizações. A partir de 2021 este projeto faz parte (como um sub-projeto) do Projeto Temático FAPESP - 2020/08943-5, sob coordenação geral de Luiz Mario Ramos Janini (veja https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/107591/investigacao-de-elementos-induzidos-pela-resposta-vacinal-nos-individuos-submetidos-aos-testes-clini/).

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, Cassia Ferreira Sampaio

      2010 a 2019

    • Mecanismos de Bifurcação e Propriedades Computacionais dos Neurônios

      A neurociência é a área que tem por objetivo propor modelos matemáticos computacionais para simular e entender a função dos mecanismos do sistema nervoso. Por sua própria natureza ela é uma ciência interdisciplinar que combina diferentes campos do saber, como a neurobiologia, a física, a ciência da computação, a engenharia elétrica, a matemática aplicada e a psicobiologia. Este projeto se insere na área de pesquisa em neurociência computacional ou matemática e tem por objetivo compilar, organizar e ilustrar através de simulação os principais resultados sobre a classificação das propriedades computacionais dos neurônios em termos de mecanismos de bifurcações.Projeto de Iniciação Científica PIBIC (2011-2012).

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, Luiz Mario Ramos Janini, Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello, Bruno Zanardo Gorzoni, Taima Furuyama

      2010 a 2012

    Universidade de São Paulo

    • Network Dynamical Systems - Geometry and Dynamics Between Ohio and São Paulo

      The project consists of three main research lines, each of which subdivided into several topics. Network Dynamics: Homeostasis as a Network Phenomenon; Stochastic Effects on Networks. Ergodic Questions Involving Exact Endomorphisms: Multiplicative Semigroup Actions on Measurable Spaces; Multiple Recurrence for Cusp Frequencies; Mixing for Sequences of Maps. Multiplicity and Classification of Solutions of Riemannian Geometric Problems: Bifurcation in the Singular Yamabe Problem; CMC Hypersurfaces in Cohomogeneity one Riemannian Manifolds; Intrinsically Harmonic 2-forms on 4-manifolds; Four Manifolds with Harmonic Curvature; Kaehler Manifolds with Geodesic Holomorphic Gradients.

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, Sabrine Fumie Serikawa

      2016 a 2018

    • Dinâmica em Baixas Dimensões

      A teoria moderna de sistemas dinâmicos começou com o trabalho de Poincaré e, desde então, cresceu e amadureceu, tornando-se uma área importante da matemática. O objetivo principal deste projeto é aprofundar o conhecimento das seguintes áreas de sistemas dinâmicos: - Sistemas hamiltonianos com dois graus de liberdade, seus aspectos dinâmicos e topológicos. - Equações diferenciais polinomiais no plano e o 16o. problema de Hilbert. - Homeomorfismos e difeomorfismos em dimensão 2 como, por exemplo, transformações de Hénon e twist maps do anel. - Teoria de renormalização em dimensões 1 e 2. - Endomorfismos do intervalo (por exemplo, questões analíticas delicadas como decaimento de geometria e existência de medidas invariantes); transformações críticas do círculo; renormalização e o espaço de parâmetros. - Teoria de Teichmüller e suas conexões com dinâmica em dimensões baixas. - Teoria ergódica diferenciável. Ao mesmo tempo que a teoria de sistemas dinâmicos se desenvolveu, ela se afastou de outras, também nascidas do trabalho de Poincaré: a geometria e a topologia simpléticas. Outro objetivo deste projeto é o de buscar conexões pouco exploradas entre estas áreas e tentar reestabelecer um contato entre elas próximo o bastante para que se possa usar técnicas de cada uma para atacar problemas da outra.

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, Edson de Faria, Albert Fisher, Paolo Piccione, Francesco Mercuri, Vitaly Bergelson, Andrzej Derdzinski, Martin Golubitsky

      2006 a 2010

    • Quebra de Simetria e Evolução do Código Genético

      Esse projeto visa o desenvolvimento de modelos matemáticos para a evolução do cádigo genático. O etiquetamento dos codons pelas representações irredutíveis do grupo simplético, a construção concreta dessas mesmas representações, uma revisão da procura por simetrias, o estudo de códigos não-universais e o desenvolvimento de um modelo dinâmico são os eixos centrais da investigação.

      Autores: Fernando Martins Antoneli Junior, André Salles de Carvalho, Eduardo Colli, Edson de Faria, Edson Vargas, Albert Fisher, Daniel Panazzolo, Pedro Antonio Santoro Salomão, Fábio Tal, Salvador Zanata, Radu Saghin

      1997 a 2001

    Universidade do Porto

    Atualização Lattes em 2024-05

    Processado em 2024-07-22