A avaliação institucional é uma demanda interna das instituições de ensino e pesquisa, que podem, através dela, obter maior teor de governança.

É também uma obrigação institucional junto ao SINAES, Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior, que tem como idéias centrais, as de integração e de participação para a construção de um sistema de avaliação capaz de aprofundar os compromissos e responsabilidades sociais das instituições, bem como promover os valores democráticos, o respeito à diversidade, a busca da autonomia e a afirmação da identidade.

A proposta de avaliação do SINAES pretende incorporar, além da dimensão cognitiva, as perspectivas críticas das funções da Educação Superior dentro do contexto nacional e internacional. Busca a articulação de um sistema de avaliação com autonomia, que é própria dos processos educativo-emancipatórios, e as funções de regulação, que são inerentes à supervisão estatal, para o fortalecimento das funções e compromissos educativos.

A gestão estratégica de instituições públicas de ensino e pesquisa depende essencialmente do nível de qualificação de seu corpo técnico e do comprometimento deste com a missão da instituição.

Concebida como instrumento de responsabilização e de manutenção da legitimidade institucional, a geração de um sistema de avaliação na UNIFESP deve permitir elevar a capacidade sistêmica de seus componentes em reconhecer o valor de suas atividades, orientando-lhes para o futuro.

Um sistema de avaliação institucional, gerado internamente, que leve em conta os diferentes conjuntos de critérios e de atributos relevantes para a avaliação dos diferentes grupos de componentes da instituição pode auxiliar no diagnóstico, levantamento e análise dos elementos essenciais para a realização da gestão estratégica. Pode também promover continuamente a re-definição de metas para indivíduos e grupos de pesquisa e para o planejamento das atividades de assistência à saúde, à medida que evoluem a geração e difusão de diferentes conhecimentos.

Deve possibilitar às diferentes hierarquias da UNIFESP uma maior compreensão das dinâmicas de produção científica e inovação em saúde, respeitando as especificidades e servindo como instrumento para a tomada de decisão e para o aumento da reputação da instituição junto aos órgãos governamentais de financiamento à pesquisa, ao ensino e ao sistema público de saúde.

Presidente: Professor André Luiz Vizine Pereira

Membros

Campus Baixada Santista (CBS):
- André Luiz Vizine Pereira (Presidente e docente titular)
- Fernando Ramos Martins (docente suplente)
- Gabriela Milhasi Vedovato (Tae titular)

Campus Diadema (CD):

- Wagner Marcelo Pommer (docente titular)
- Rogério Corte Sassonia (docente suplente)
- Juliana dos Santos Oliveira (Tae titular)
- Giovanni Mietto Foltran (Tae suplente)
- Antonio Maria de Souza Dias (discente titular)

Campus Guarulhos (CG):

-Gustavo Scudeller (docente titular)
-Leandro Fincato Prates (Tae titular)

Campus Osasco (CO):

- Leonardo Lugoboni (docente titular)
- Heloisa Candia Hollnagel (docente suplente)
- Fernanda da Silva Santos Maioli (Tae titular)
- Alessandra Silva de Andrade (Tae suplente)
- Ronald Tadeu de Oliveira Andrade (discente titular)
- Lucas Ferreira dos anjos (discente suplente)

Campus São José dos Campus (CSJ):

- Henrique Alves de Amorim (docente titular)
- Marcelo Cristino Gama (docente suplente)
- Ana Carolina Gonçalves da Silva Santos Moreira (Tae titular)
- Gustavo Henrique Rodrigues S. da Cunha (Tae suplente)
- Andréia Seixas Leal (discente titular)

Campus São Paulo (CSP):

- Raquel Santos Marques Carvalho (docente titular)
- Lucia Marta Giunta da Silva (docente suplente)
- Tábata Galindo Honorato (Tae titular)
- Marcelo Mariano da Silva (Tae suplente)
- Fábio Monteiro de Barros (discente titular)
- Guilherme Rodrigues Fernandes (discente suplente)

Pró-reitoria de Administração (Proadm):
- Cássio Giovanni (Tae titular)
- Priscila Silva de Oliveira (Tae suplente)

Pró-reitoria de Extensão e Cultura (Proec):
-Sebastião Raimundo Campos (Tae titular)
-Célia Cristina Franco de Godoy (Tae suplente)

Pró-reitoria de Graduação (Prograd): 
- Fernanda Gaspar do Amaral (docente titular)
- Maria Liduína de Oliveira e Silva (docente suplente)

Pró-reitoria de Planejamento (Proplan):
- Silmara Souza de Siqueira (Tae titular)
- Daniel Cícero Gonçalves Pena (Tae suplente)

Pró-reitoria Pós-graduação Pesquisa (ProPGpq):
- Indaiá de Santana Bassani (docente titular)
- Ronaldo Vagner Thomatieli Santos (docente suplente)

Pró-reitoria de Gestão com Pessoas (Propessoas):
- Silvia Tereza de Moura Acedo (Tae titular)
- Roberto Francisco Carvalho (Tae suplente)

Pró-reitoria de Assuntos Estudantis e Políticas Afirmativas (Praepa):
- Ivone Georg (Tae titular)

Sociedade civil:
- Marineide de Oliveira Gomes (titular);
- Valter de Almeida Costa (titular).

Ato de nomeação:

Nos termos do artigo 11 da Lei nº 10.861/2004, a qual institui o Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (Sinaes), toda instituição concernente ao nível educacional em pauta, pública ou privada, constituirá Comissão Permanente de Avaliação (CPA), com as atribuições de conduzir os processos de avaliação internos da instituição, bem como de sistematizar e prestar as informações solicitadas pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep). Aquela obedecerá às seguintes diretrizes:

I - constituição por ato do dirigente máximo da instituição de ensino superior, ou por previsão no seu próprio estatuto ou regimento, assegurada a participação de todos os segmentos da comunidade universitária e da sociedade civil organizada, e vedada a composição que privilegie a maioria absoluta de um dos segmentos;
II - atuação autônoma em relação a conselhos e demais órgãos colegiados existentes na instituição de educação superior.