Reginaldo Massanobu Kuroshu nacionalidade brasileira

Universidade Federal de São Paulo

Instituto de Ciência e Tecnologia

Programa de Pós-Graduação: Ciência da Computação

E-Mail: rmkuroshu@unifesp.br


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De 2020 a 2024
Trabalhos publicados

Resumo

possui graduação em Bacharelado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Maringá (2005), mestrado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2008) e doutorado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2011). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Ciência e Tecnologia, Universidade Federal de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Bioinformática, Biologia Computacional e Ciência da Computação.

Fonte: Lattes CNPq

Nomes em citações bibliográficas

KUROSHU, Reginaldo Massanobu;Kuroshu, Reginaldo M.;Kuroshu, R.;Kuroshu, R.M.


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Idiomas

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Formação

  • Doutorado em Computational Biology

    Computational approaches for high-throughput sequencing and assembly of clone sequences

    Orientação: Shinichi Morishita

    University of Tokyo

      Desde 2011

  • Mestrado em Computational Biology

    Short read multiclone shotgun assembly of full-length cDNAs

    Orientação: Shinichi Morishita

    University of Tokyo

    2006 a 2008

  • Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação

    Indexação de Dados Biológicos

    Orientação: Ricardo Rodrigues Ciferri

    Universidade Estadual de Maringá

    2002 a 2006

  • Produção


    2023


    • Genome-wide characterization of the common bean kinome: Catalog and insights into expression patterns and genetic organization

      Artigo publicado

      Autores: AONO, ALEXANDRE HILD; PIMENTA, RICARDO JOSÉ GONZAGA; DAMBROZ, CAROLINE MARCELA DA SILVA; COSTA, FRANCISCO CLEILSON LOPES; Reginaldo Massanobu Kuroshu; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; PEREIRA, WELISON ANDRADE

      Conteúdo completo

      2023

      Fonte: GENE , v. 855 , p. 147127

    • Ginkgo biloba extract (GbE) restores gut microbiota dysbiosis in a rat model of lard-rich diet-induced obesity

      Artigo publicado

      Autores: HIRATA, BRUNA K.S.; TELLES, MONICA M.; AONO, ALEXANDRE H.; MACHADO, MEIRA M.F.; JOYCE, ELLEN C.; BUENO, ALLAIN A.; KUROSHU, REGINALDO M.; OYAMA, LILA M.; RIBEIRO, ELIANE B.; Cristina Viana Niero

      Conteúdo completo

      2023

      Fonte: Phytomedicine Plus , v. 3 , p. 100467


    2022


    • A joint learning approach for genomic prediction in polyploid grasses

      Artigo publicado

      Autores: AONO, ALEXANDRE HILD; JANK, LIANA; BARRIOS, SANZIO CARVALHO LIMA; DO VALLE, CACILDA BORGES; CHIARI, LUCIMARA; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; Ana Carolina Lorena; GORJANC, GREGOR; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; FERREIRA, REBECCA CAROLINE ULBRICHT; MORAES, ALINE DA COSTA LIMA; LARA, LETÍCIA APARECIDA DE CASTRO; PIMENTA, RICARDO JOSÉ GONZAGA; COSTA, ESTELA ARAUJO; PINTO, LUCIANA ROSSINI; LANDELL, MARCOS GUIMARÃES DE ANDRADE; SANTOS, MATEUS FIGUEIREDO

      Conteúdo completo

      2022

      Fonte: Scientific Reports , v. 12 , p. 1


    2021


    • Automatic recovering the number <i>k</i> of clusters in the data by active query selection

      Trabalhos em eventos

      Autores: SOUSA, HÉRIO; DE SOUTO, MARCÍLIO C. P.; Reginaldo Massanobu Kuroshu; LORENA, ANA CAROLINA

      Conteúdo completo

      2021

      Fonte: Proceedings of the 36th Annual ACM Symposium on Applied Computing , p. 1021

    • Microbial co-occurrence network and its key microorganisms in soil with permanent application of composted tannery sludge

      Artigo publicado

      Autores: ISHIMOTO, CAROLINE KIE; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; Elisa Esposito; ARAUJO, ADEMIR SERGIO FERREIRA; AONO, ALEXANDRE HILD; NAGAI, JAMES SHINITI; SOUSA, HÉRIO; MIRANDA, ANA ROBERTA LIMA; MELO, VANIA MARIA MACIEL; MENDES, LUCAS WILLIAM; ARAUJO, FABIO FERNANDO; DE MELO, WANDERLEY JOSÉ

      Conteúdo completo

      2021

      Fonte: SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 789 , p. 147945


    2020


    • Machine learning approaches reveal genomic regions associated with sugarcane brown rust resistance

      Artigo publicado

      Autores: Alexandre Hild Aono; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Ricardo José Gonzaga Pimenta; Melina Cristina Mancini; Fernanda Raquel Camilo Dos Santos; Luciana Rossini Pinto; Marcos Guimarães de Andrade Landell

      Conteúdo completo

      2020

      Fonte: Scientific Reports , v. 10 , p. 20057


    2018


    • Identificação e caracterização funcional de SNPs em uma população de mapeamento de cana-de-açúcar

      Trabalhos em eventos

      Autores: Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2018

      Fonte: Ciência & Tecnologia Fatec-JB

    • Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks

      Trabalhos em eventos

      Autores: NAGAI, JAMES SHINITI; SOUSA, HERIO; AONO, ALEXANDRE HILD; Ana Carolina Lorena; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU

      Conteúdo completo

      2018

      Fonte: 2018 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) , p. 91

    • Network topology and multivariate analyses for identification of highly connected microbial genera within Fluviosol soil

      Trabalhos em eventos

      Autores: Caroline Kie Ishimoto; Alexandre Hild Aono; James Shiniti Nagai; Herio Sousa; Ana Roberta Lima de Miranda; Ademir Araújo; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Elisa Esposito

      2018

      Fonte: Proceedings X-meeting 2018

    • A novel approach based on complex networks and machine learning techniques for a deeper biological insight into Parkinson?s gut metagenomics

      Trabalhos em eventos

      Autores: Alexandre Hild Aono; Herio Sousa; James Shiniti Nagai; Caroline Kie Ishimoto; Lucas Okimoto; Estela Araujo Costa; Ana Carolina Lorena; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2018

      Fonte: Proceedings X-meeting 2018

    • Multivariate and clustering allelic expression analyses reveal putative molecular markers associated with sugar-cane sucrose metabolism using GBS data

      Trabalhos em eventos

      Autores: Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; James Shiniti Nagai; Herio Sousa; Caroline Kie Ishimoto; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2018

      Fonte: Proceedings X-meeting 2018


    2017


    • Preliminary association of putative GBS-based SNPs with brown rust resistance phenotypes in a sugarcane map population using GWAS and machine learning methods

      Trabalhos em eventos

      Autores: Alexandre Hild Aono; James Shiniti Nagai; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; Fernanda Raquel Camilo Dos Santos; Luciana Rossini Pinto; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2017

      Fonte: Proceedings X-Meeting 2017

    • Ploidy level analysis of functional SNPs from GBS data in a sugarcane map population

      Trabalhos em eventos

      Autores: Estela Araujo Costa; Alexandre Hild Aono; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2017

      Fonte: Proceedings X-meeting 2017

    • CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory

      Trabalhos em eventos

      Autores: James Shiniti Nagai; Hugo Rody Vianna Silva; Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2017

      Fonte: Proceedings X-meeting 2017


    2016


    • GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process

      Trabalhos em eventos

      Autores: James Shiniti Nagai; Hugo Rody Vianna Silva; Estela Araujo Costa; Alexandre Hild Aono; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2016

      Fonte: Proceedings X-Meeting 2016

    • Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population

      Trabalhos em eventos

      Autores: Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Anete Pereira de Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2016

      Fonte: Proc


    2015


    • Analysis of Genomic Regions of Trichoderma harzianum IOC-3844 Related to Biomass Degradation

      Artigo publicado

      Autores: Aline Crucello; Anete Pereira Souza; Danilo Augusto Sforça; Maria Augusta Crivelente Horta; Clelton Aparecido Santos; Américo José Carvalho Viana; Lilian Luzia Beloti; Marcelo Augusto Szymanski Toledo; Michel Vincentz; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      Conteúdo completo

      2015

      Fonte: Plos One , v. 10 , p. e0122122


    2014


    • eIF5A and EF-P: two unique translation factors are now traveling the same road

      Artigo publicado

      Autores: Danuza Rossi; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Cleslei Fernando Zanelli; Sandro Roberto Valentini

      Conteúdo completo

      2014

      Fonte: Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA , v. 5 , p. n/a

    • Transcriptome Profile of Trichoderma harzianum IOC-3844 Induced by Sugarcane Bagasse

      Artigo publicado

      Autores: HORTA, MARIA AUGUSTA CRIVELENTE; SOUZA, ANETE PEREIRA; VICENTINI, RENATO; DELABONA, PRISCILA DA SILVA; LABORDA, PRIANDA; CRUCELLO, ALINE; FREITAS, SINDÉLIA; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; POLIKARPOV, IGOR; Jose Geraldo da Cruz Pradella

      Conteúdo completo

      2014

      Fonte: Plos One , v. 9 , p. e88689


    2013


    • Nonoverlapping Clone Pooling for High-Throughput Sequencing

      Artigo publicado

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu

      Conteúdo completo

      2013

      Fonte: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print) , v. 10 , p. 1091


    2012


    • Non-overlapping clone pooling for high-throughput sequencing

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu

      Conteúdo completo

      2012

      Fonte: Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine - BCB '12 , p. 84


    2011


    • Computational variation finding from short read data

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu

      2011

      Fonte: São Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics


    2010


    • Cost-Effective Sequencing of Full-Length cDNA Clones Powered by a De Novo-Reference Hybrid Assembly

      Artigo publicado

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Morishita, Shinichi; Suzuki, Yutaka; Kasahara, Masahiro

      Conteúdo completo

      2010

      Fonte: Plos One , v. 5 , p. e10517


    2009


    • UTGB toolkit for personalized genome browsers

      Artigo publicado

      Autores: Saito, T. L.; Yoshimura, J.; Sasaki, S.; Ahsan, B.; Sasaki, A.; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Morishita, S.

      2009

      Fonte: BIOINFORMATICS , v. 25 , p. 1856

    • MuSICA

      Software

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi

      2009

      Fonte:

    • Short read de novo-reference hybrid assembly for full-length cDNA sequencing with next-generation sequencers

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi

      2009

      Fonte: The 8th International Workshop on Advanced Genomics - Expansion of Genome Science


    2008


    • The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori

      Artigo publicado

      Autores: The International Silkworm Genome,; Reginaldo Massanobu Kuroshu

      Conteúdo completo

      2008

      Fonte: Insect Biochemistry and Molecular Biology , v. 38 , p. 1036

    • Short read multiclone assembly accelerates sequencing full-length cDNA clones

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Sekimori, Etsuko; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi

      2008

      Fonte: The Biology of Genomes

    • High-throughput full-length cDNA sequencing by short-read multiclone assembl y using reference genomes

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi

      2008

      Fonte: The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan


    2006


    • Investigando o Desempenho da Estrutura de Indexação MRS com base na Geração de Genomas Sintéticos

      Trabalhos em eventos

      Autores: Ricardo Rodrigues Ciferri; Mônica Nakano; Cristina Dutra de Aguiar Ciferri; Reginaldo Massanobu Kuroshu; José Júnior Lombardi Bariviera; Nielder Tarsus Honorato da Silva

      2006

      Fonte: Anais da XXXII Conferencia Latinoamericana de Informática , p. 299.1


    2005


    • Estudo e Implementação da Estrutura de Indexação MRS

      Trabalhos em eventos

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Ricardo Rodrigues Ciferri; Mônica Nakano

      2005

      Fonte: XIV EAIC

    Atuações

    Universidade Estadual de Maringá

    • Graduação

      Acadêmico

      2002 a 2005

    BMC Genomics

    • Revisor de periódico

      Desde 2011

    University of Tokyo

    • Monitor

      Estudante

      2008 a 2009

    Universidade Federal de São Paulo

    • Professor Adjunto

      2012 a 2021

    • Professor associado

      Desde 2021

    Universidade de São Paulo

    • Pós-doutorando

      Bolsista

      2012 a 2012

    Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo

    • Revisor de projeto de fomento

      Desde 2018

    Applied Soil Ecology

    • Revisor de periódico

      Desde 2021

    Ensino

    Orientações e supervisões

    Tese de doutorado concluídas

    • Hério Ênio de Sousa Paz

      Active querying in constrained clustering

      Ciência da Computação

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2022

    Dissertação de mestrado concluídas

    • Paula Diana

      Análises in silico e validações envolvendo o gene NIBAN1 no câncer de tireoide

      Biologia Estrutural e Funcional

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2022

    • James Shiniti Nagai

      Avaliação de métodos de alinhamento global em dados metagenômicos sobre obesidade

      Ciência da Computação

      Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

      Universidade Federal de São Paulo

      Concluído em 2019

    Gestão

    Universidade Federal de São Paulo

    • Vice-coordenador do Bacharelado em Ciência da Computação

      Instituto de Ciência e Tecnologia

        Desde 2022

    Pesquisa

    Universidade Estadual de Maringá

    Universidade Federal de São Paulo

    • Suporte para Melhoria da Aprendizagem das UCs Relacionadas à Área de Ciência da Computação nos Bacharelados Ofertados pelo Instituto de Ciência e Tecnologia

      Projeto de monitoria para as disciplinas de Lógica de Programação e Algortimos e Estruturas de Dados.

      2013 a 2014

    • Projeto de Ensino e Aprendizagem de Programação para Olimpíadas

      Este projeto tem como objetivo o ensino de lógica de programação, algoritmos e estruturas de dados para estudantes do ensino fundamental ao ensino superior voltado para resolução de problemas em olimpíadas de computação.

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu

      Desde 2015

    • Biologia computacional na análise de variação genética

      Este projeto tem como objetivo formar recursos humanos em uma temática multidisciplinar envolvendo a biologia computacional e genética, visando a preparação de profissionais que possam contribuir para a inclusão do País na fronteira moderna da pesquisa mundial nesta área.

      Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu, Arlindo Flavio da Conceição, Mariá Cristina Vasconcelos Nascimento, Jurandy Gomes de Almeida Junior

      2013 a 2020

    Universidade de São Paulo

    Outras atividades técnico científicas

    Atualização Lattes em 2023-10

    Processado em 2023-12-28