Reginaldo Massanobu Kuroshu
Instituto de Ciência e Tecnologia
Programa de Pós-Graduação: Ciência da Computação
E-Mail: rmkuroshu@unifesp.br
Resumo
possui graduação em Bacharelado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Maringá (2005), mestrado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2008) e doutorado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2011). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Ciência e Tecnologia, Universidade Federal de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Bioinformática, Biologia Computacional e Ciência da Computação.
Fonte: Lattes CNPq
Nomes em citações bibliográficas
KUROSHU, Reginaldo Massanobu;Kuroshu, Reginaldo M.;Kuroshu, R.;Kuroshu, R.M.
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Formação
Doutorado em Computational Biology
Computational approaches for high-throughput sequencing and assembly of clone sequences
Orientação: Shinichi Morishita
University of Tokyo
Mestrado em Computational Biology
Short read multiclone shotgun assembly of full-length cDNAs
Orientação: Shinichi Morishita
University of Tokyo
2006 a 2008
Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação
Indexação de Dados Biológicos
Orientação: Ricardo Rodrigues Ciferri
Universidade Estadual de Maringá
2002 a 2006
Produção
2024
-
Transcriptomic analysis reveals that NIBAN1 overexpression is associated with BRAFV600E mutation and increases the aggressiveness of thyroid cancer (2024)
Artigo publicado
Autores: DIANA, PAULA; RIBEIRO CARNEIRO, THAISE NAYANE; CERUTTI, JANETE MARIA; Reginaldo Massanobu Kuroshu; GRIZ CARVALHEIRA, GIANNA MARIA
Fonte: Genes & Diseases , v. 11 , p. 101094 - Extrato QUALIS: A2
2023
-
Genome-wide characterization of the common bean kinome: Catalog and insights into expression patterns and genetic organization (2023)
Artigo publicado
Autores: AONO, ALEXANDRE HILD; PIMENTA, RICARDO JOSÉ GONZAGA; DAMBROZ, CAROLINE MARCELA DA SILVA; COSTA, FRANCISCO CLEILSON LOPES; Reginaldo Massanobu Kuroshu; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; PEREIRA, WELISON ANDRADE
Fonte: GENE , v. 855 , p. 147127 - Extrato QUALIS: A4
-
Ginkgo biloba extract (GbE) restores gut microbiota dysbiosis in a rat model of lard-rich diet-induced obesity (2023)
Artigo publicado
Autores: HIRATA, BRUNA K.S.; TELLES, MONICA M.; AONO, ALEXANDRE H.; MACHADO, MEIRA M.F.; JOYCE, ELLEN C.; BUENO, ALLAIN A.; KUROSHU, REGINALDO M.; OYAMA, LILA M.; RIBEIRO, ELIANE B.; Cristina Viana Niero
Fonte: Phytomedicine Plus , v. 3 , p. 100467
2022
-
A joint learning approach for genomic prediction in polyploid grasses (2022)
Artigo publicado
Autores: AONO, ALEXANDRE HILD; JANK, LIANA; BARRIOS, SANZIO CARVALHO LIMA; DO VALLE, CACILDA BORGES; CHIARI, LUCIMARA; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; Ana Carolina Lorena; GORJANC, GREGOR; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; FERREIRA, REBECCA CAROLINE ULBRICHT; MORAES, ALINE DA COSTA LIMA; LARA, LETÍCIA APARECIDA DE CASTRO; PIMENTA, RICARDO JOSÉ GONZAGA; COSTA, ESTELA ARAUJO; PINTO, LUCIANA ROSSINI; LANDELL, MARCOS GUIMARÃES DE ANDRADE; SANTOS, MATEUS FIGUEIREDO
Fonte: Scientific Reports , v. 12 , p. 1 - Extrato QUALIS: A1
2021
-
Automatic recovering the number <i>k</i> of clusters in the data by active query selection (2021)
Trabalhos em eventos
Autores: SOUSA, HÉRIO; DE SOUTO, MARCÍLIO C. P.; Reginaldo Massanobu Kuroshu; LORENA, ANA CAROLINA
Fonte: Proceedings of the 36th Annual ACM Symposium on Applied Computing , p. 1021
-
Microbial co-occurrence network and its key microorganisms in soil with permanent application of composted tannery sludge (2021)
Artigo publicado
Autores: ISHIMOTO, CAROLINE KIE; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; Elisa Esposito; ARAUJO, ADEMIR SERGIO FERREIRA; AONO, ALEXANDRE HILD; NAGAI, JAMES SHINITI; SOUSA, HÉRIO; MIRANDA, ANA ROBERTA LIMA; MELO, VANIA MARIA MACIEL; MENDES, LUCAS WILLIAM; ARAUJO, FABIO FERNANDO; DE MELO, WANDERLEY JOSÉ
Fonte: SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 789 , p. 147945 - Extrato QUALIS: A1
2020
-
Machine learning approaches reveal genomic regions associated with sugarcane brown rust resistance (2020)
Artigo publicado
Autores: Alexandre Hild Aono; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Ricardo José Gonzaga Pimenta; Melina Cristina Mancini; Fernanda Raquel Camilo Dos Santos; Luciana Rossini Pinto; Marcos Guimarães de Andrade Landell
Fonte: Scientific Reports , v. 10 , p. 20057 - Extrato QUALIS: A1
2018
-
Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks (2018)
Trabalhos em eventos
Autores: NAGAI, JAMES SHINITI; SOUSA, HERIO; AONO, ALEXANDRE HILD; Ana Carolina Lorena; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU
Fonte: 2018 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) , p. 91
-
Network topology and multivariate analyses for identification of highly connected microbial genera within Fluviosol soil (2018)
Trabalhos em eventos
Autores: Caroline Kie Ishimoto; Alexandre Hild Aono; James Shiniti Nagai; Herio Sousa; Ana Roberta Lima de Miranda; Ademir Araújo; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Elisa Esposito
Fonte: Proceedings X-meeting 2018
-
A novel approach based on complex networks and machine learning techniques for a deeper biological insight into Parkinson?s gut metagenomics (2018)
Trabalhos em eventos
Autores: Alexandre Hild Aono; Herio Sousa; James Shiniti Nagai; Caroline Kie Ishimoto; Lucas Okimoto; Estela Araujo Costa; Ana Carolina Lorena; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Proceedings X-meeting 2018
-
Multivariate and clustering allelic expression analyses reveal putative molecular markers associated with sugar-cane sucrose metabolism using GBS data (2018)
Trabalhos em eventos
Autores: Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; James Shiniti Nagai; Herio Sousa; Caroline Kie Ishimoto; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Proceedings X-meeting 2018
-
Identificação e caracterização funcional de SNPs em uma população de mapeamento de cana-de-açúcar (2018)
Trabalhos em eventos
Autores: Alexandre Hild Aono; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; James Shiniti Nagai; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Ciência & Tecnologia Fatec-JB
2017
-
Preliminary association of putative GBS-based SNPs with brown rust resistance phenotypes in a sugarcane map population using GWAS and machine learning methods (2017)
Trabalhos em eventos
Autores: Alexandre Hild Aono; James Shiniti Nagai; Estela Araujo Costa; Hugo Rody Vianna Silva; Fernanda Raquel Camilo Dos Santos; Luciana Rossini Pinto; Anete Pereira Souza; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Proceedings X-Meeting 2017
-
-
2016
2015
-
Analysis of Genomic Regions of Trichoderma harzianum IOC-3844 Related to Biomass Degradation (2015)
Artigo publicado
Autores: Aline Crucello; Anete Pereira Souza; Danilo Augusto Sforça; Maria Augusta Crivelente Horta; Clelton Aparecido Santos; Américo José Carvalho Viana; Lilian Luzia Beloti; Marcelo Augusto Szymanski Toledo; Michel Vincentz; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Plos One , v. 10 , p. e0122122 - Extrato QUALIS: A1
2014
-
eIF5A and EF-P: two unique translation factors are now traveling the same road (2014)
Artigo publicado
Autores: Danuza Rossi; Reginaldo Massanobu Kuroshu; Cleslei Fernando Zanelli; Sandro Roberto Valentini
Fonte: Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA , v. 5 , p. n/a
-
Transcriptome Profile of Trichoderma harzianum IOC-3844 Induced by Sugarcane Bagasse (2014)
Artigo publicado
Autores: HORTA, MARIA AUGUSTA CRIVELENTE; SOUZA, ANETE PEREIRA; VICENTINI, RENATO; DELABONA, PRISCILA DA SILVA; LABORDA, PRIANDA; CRUCELLO, ALINE; FREITAS, SINDÉLIA; KUROSHU, REGINALDO MASSANOBU; POLIKARPOV, IGOR; Jose Geraldo da Cruz Pradella
Fonte: Plos One , v. 9 , p. e88689 - Extrato QUALIS: A1
2013
-
Nonoverlapping Clone Pooling for High-Throughput Sequencing (2013)
Artigo publicado
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print) , v. 10 , p. 1091 - Extrato QUALIS: A1
2012
-
Non-overlapping clone pooling for high-throughput sequencing (2012)
Trabalhos em eventos
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine - BCB '12 , p. 84
2011
2010
-
Cost-Effective Sequencing of Full-Length cDNA Clones Powered by a De Novo-Reference Hybrid Assembly (2010)
Artigo publicado
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Morishita, Shinichi; Suzuki, Yutaka; Kasahara, Masahiro
Fonte: Plos One , v. 5 , p. e10517 - Extrato QUALIS: A1
2009
-
Short read de novo-reference hybrid assembly for full-length cDNA sequencing with next-generation sequencers (2009)
Trabalhos em eventos
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi
Fonte: The 8th International Workshop on Advanced Genomics - Expansion of Genome Science
-
-
2008
-
-
High-throughput full-length cDNA sequencing by short-read multiclone assembl y using reference genomes (2008)
Trabalhos em eventos
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu; Kasahara, Masahiro; Watanabe,, Junichi; Sugano, Sumio; Suzuki, Yutaka; Morishita, Shinichi
Fonte: The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
-
The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
Artigo publicado
Autores: The International Silkworm Genome,; Reginaldo Massanobu Kuroshu
Fonte: Insect Biochemistry and Molecular Biology , v. 38 , p. 1036 - Extrato QUALIS: A1
2006
-
Investigando o Desempenho da Estrutura de Indexação MRS com base na Geração de Genomas Sintéticos (2006)
Trabalhos em eventos
Autores: Ricardo Rodrigues Ciferri; Mônica Nakano; Cristina Dutra de Aguiar Ciferri; Reginaldo Massanobu Kuroshu; José Júnior Lombardi Bariviera; Nielder Tarsus Honorato da Silva
Fonte: Anais da XXXII Conferencia Latinoamericana de Informática , p. 299.1
2005
Atuações
Universidade Estadual de Maringá
-
Graduação
Acadêmico
2002 a 2005
BMC Genomics
-
Revisor de periódico
Desde 2011
University of Tokyo
-
Monitor
Estudante
2008 a 2009
Universidade Federal de São Paulo
-
Professor Adjunto
2012 a 2021
-
Professor associado
Desde 2021
Universidade de São Paulo
-
Pós-doutorando
Bolsista
2012 a 2012
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
-
Revisor de projeto de fomento
Desde 2018
Applied Soil Ecology
-
Revisor de periódico
Desde 2021
Ensino
Orientações e supervisões
Tese de doutorado concluídas
-
Active querying in constrained clustering
Ciência da Computação
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2022
Dissertação de mestrado concluídas
-
Análises in silico e validações envolvendo o gene NIBAN1 no câncer de tireoide
Biologia Estrutural e Funcional
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2022
-
Avaliação de métodos de alinhamento global em dados metagenômicos sobre obesidade
Ciência da Computação
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2019
Gestão
Universidade Federal de São Paulo
-
Vice-coordenador do Bacharelado em Ciência da Computação
Instituto de Ciência e Tecnologia
Pesquisa
Universidade Estadual de Maringá
Universidade Federal de São Paulo
-
Biologia computacional na análise de variação genética
Este projeto tem como objetivo formar recursos humanos em uma temática multidisciplinar envolvendo a biologia computacional e genética, visando a preparação de profissionais que possam contribuir para a inclusão do País na fronteira moderna da pesquisa mundial nesta área.
2013 a 2020
-
Projeto de Ensino e Aprendizagem de Programação para Olimpíadas
Este projeto tem como objetivo o ensino de lógica de programação, algoritmos e estruturas de dados para estudantes do ensino fundamental ao ensino superior voltado para resolução de problemas em olimpíadas de computação.
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu, Anete Pereira Souza, Antonio Augusto Franco Garcia, Maria Imaculada Zucchi
Desde 2015
-
Suporte para Melhoria da Aprendizagem das UCs Relacionadas à Área de Ciência da Computação nos Bacharelados Ofertados pelo Instituto de Ciência e Tecnologia
Projeto de monitoria para as disciplinas de Lógica de Programação e Algortimos e Estruturas de Dados.
Autores: Reginaldo Massanobu Kuroshu, Arlindo Flavio da Conceição, Mariá Cristina Vasconcelos Nascimento, Jurandy Gomes de Almeida Junior
2013 a 2014
Universidade de São Paulo
Atualização Lattes em 2024-04
Processado em 2024-07-22