Marcelo Ferreira Marcondes Machado
Escola Paulista de Medicina
Programa de Pós-Graduação: Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
E-Mail: marcelo.marcondes@unifesp.br
Resumo
Graduado em Engenharia Química Industrial, Faculdades Oswaldo Cruz, Doutor em Ciências Biológicas (Biologia Molecular) pela Universidade Federal de São Paulo, técnico Químico Industrial pela escola técnica Oswaldo Cruz. Professor Adjunto no Departamento de Biofísica da Universidade Federal de São Paulo. Principal linha de atuação: Desenvolvimento e aplicação de técnicas de fluorescência para estudos funcionais e estruturais de proteínas.
Fonte: Lattes CNPq
Nomes em citações bibliográficas
Marcondes, M. F.;Machado, Marcelo F.M.;Marcondes, Marcelo F.;Marcondes, M.F.M.;Marcondes, Marcelo F.M.;MARCONDES, MARCELO F. M.;MACHADO, M F M;FERREIRA MACHADO, MARCELO MARCONDES;MACHADO, MARCELO FERREIRA MARCONDES;MACHADO MARCONDES, MARCELO FERREIRA;MACHADO, MARCELO F. M.;MARCONDES, MARCELO F;MACHADO, MARCELO MARCONDES FERREIRA
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Formação
Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Clonagem, expressão e especificidade da peptidase intermediária mitocondrial
Orientação: Vitor Marcelo Silveira Bueno Brandão de Oliveira
Universidade Federal de São Paulo
Graduação em Engenharia Química
Produção de proteínas recombinantes em sistema de expressão Pichia pastoris
Orientação: Mauricio Ferreira Marcondes Machado
Faculdades Oswaldo Cruz
1999 a 2003
Produção
2023
-
Genetic and biochemical characterization of BIM-1, a novel acquired subgroup B1 MBL found in a sp. strain from the Brazilian Amazon region (2023)
Artigo publicado
Autores: SOUZA, CINTYA O; PÉREZ-CHAPARRO, PAULA JULIANA; LIMA, LUANA N G C; LIMA, MARCELO O; COSTA, BRENDA NATASHA S; DE QUEIROZ, THAIS KAROLINA L; SILVA, PAOLA J S N; MAMIZUKA, ELZA M; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; MCCULLOCH, JOHN ANTHONY; GALES, ANA CRISTINA; CAYÔ, RODRIGO; LIMA, KARLA VALÉRIA B; BRASILIENSE, DANIELLE M; STRELING, ANA PAULA; SIQUEIRA, ANDRÉ V; ALBERTO-LEI, FELIPE; LEAL, JOSIANE T; NODARI, CAROLINA S
Fonte: JOURNAL OF ANTIMICROBIAL CHEMOTHERAPY , v. 78 , p. x - Extrato QUALIS: A1
-
Capture ELISA for KPC Detection in Gram-Negative Bacilli: Development and Standardisation (2023)
Artigo publicado
Autores: VALENCIO, ANDRÉ; DA SILVA, MIRIAM APARECIDA; SANTOS, FERNANDA FERNANDES; POLATTO, JULIANA MOUTINHO; MACHADO, MARCELO MARCONDES FERREIRA; PIAZZA, ROXANE MARIA FONTES; Ana Cristina Gales
Fonte: Microorganisms , v. 11 , p. 1052 - Extrato QUALIS: A3
2022
-
Potential of an anti-bevacizumab idiotype scFv DNA-based immunization to elicit VEGF-binding antibody response (2022)
Artigo publicado
Autores: SILVA, TÁBATA ALMEIDA; AGUIAR, RODRIGO BARBOSA; Marcelo Alves da Silva Mori; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; HAMAGUCHI, BARBARA; MACHADO, MARCELO FERREIRA MARCONDES; MORAES, JANE ZVEITER
Fonte: GENE THERAPY , v. 1-5 , p. 1 - Extrato QUALIS: A2
-
Molecular Structure and Antibacterial Activity of Degradation Products from Cephalexin Solutions Submitted to Thermal and Photolytic Stress (2022)
Artigo publicado
Autores: LOURENÇO, CECÍLIA; SOUZA, LOUISE E. A.; VALÊNCIO, ANDRÉ; MACHADO, MARCELO F. M.; Antonio de Miranda; SILVA, EMERSON R.
Fonte: ChemistrySelect , v. 7 , p. 101 - Extrato QUALIS: A4
-
Probing the Conformational States of Thimet Oligopeptidase in Solution (2022)
Artigo publicado
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado; SANTOS, GABRIEL S.; BRONZE, FELLIPE; MACHADO, MAURICIO F. M.; PEREZ, KÁTIA R.; HESSELINK, RENSKE; DE VRIES, MARCEL P.; BROOS, JAAP; Oliveira, Vitor
Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 23 , p. 7297 - Extrato QUALIS: A2
-
Kinetics Analysis of β-Lactams Hydrolysis by OXA-50 Variants of Pseudomonas aeruginosa (2022)
Artigo publicado
Autores: STRELING, ANA PAULA; MARCONDES, MARCELO F.M.; Ana Cristina Gales; CAYÔ, RODRIGO; NODARI, CAROLINA S.; ALMEIDA, LUIZ G.P.; BRONZE, FELIPE; SIQUEIRA, ANDRÉ VALÊNCIO; MATOS, ADRIANA P.; OLIVEIRA, VITOR; VASCONCELOS, ANA TEREZA R.
Fonte: Microbial Drug Resistance , v. 28 , p. 849 - Extrato QUALIS: A4
2021
-
Enzymatic diversity of filamentous fungi isolated from forest soil incremented by sugar cane solid waste (2021)
Artigo publicado
Autores: LIMA, LIDIANE M. S.; MARCONDES, MARCELO F. M.; Suzan Pantaroto de Vasconcellos; OKAMOTO, DEBORA N.; PASSARINI, MICHEL R. Z.; GONÇALVES, SARAH S.; GOLDMAN, GUSTAVO H.; SILVEIRA, MARGHUEL A. V.; RAMOS, PATRÍCIA L.; CRUZ, JOÃO B.; JULIANO, MARIA
Fonte: ENVIRONMENTAL TECHNOLOGY , v. 00 , p. 1 - Extrato QUALIS: A2
-
NPCdc, a synthetic natriuretic peptide, is a substrate to neprilysin and enhances blood pressure-lowering induced by enalapril in 5/6 nephrectomized rats (2021)
Artigo publicado
Autores: AIRES, REGINA SOUZA; FRANCISCO DA SILVA FILHO, LINALDO; GOMES REBELLO FERREIRA, LUIZ FELIPE; HERNANDES, MARCELO ZALDINI; MACHADO MARCONDES, MARCELO FERREIRA; Adriana Karaoglanovic Carmona; OLIVEIRA DA PAIXÃO, ANA DURCE; VIEIRA, LEUCIO DUARTE
Fonte: TOXICON , v. 203 , p. 30 - Extrato QUALIS: A4
-
Generation and functional characterization of a single-chain variable fragment (scFv) of the anti-FGF2 3F12E7 monoclonal antibody (2021)
Artigo publicado
Autores: DE AGUIAR, RODRIGO BARBOSA; DE MORAES, JANE ZVEITER; DA SILVA, TÁBATA DE ALMEIDA; COSTA, BRUNO ANDRADE; MACHADO, MARCELO FERREIRA MARCONDES; YAMADA, RENATA YOSHIKO; BRAGGION, CAMILA; PEREZ, KÁTIA REGINA; Marcelo Alves da Silva Mori; OLIVEIRA, VITOR
Fonte: Scientific Reports , v. 11 , p. 1432 - Extrato QUALIS: A1
-
Substrate specificity, physicochemical and kinetic properties of a trypsin from the giant Amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas) (2021)
Artigo publicado
Autores: DE FREITAS-JÚNIOR, AUGUSTO CÉZAR V.; Bezerra, Ranilson S.; DA COSTA, HELANE MARIA S.; Marcuschi, Marina; Icimoto, Marcelo Y.; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Machado, Maurício F.M.; Ferreira, Juliana C.; DE OLIVEIRA, VITOR M.S.B.B.; BUARQUE, DIEGO S.
Fonte: BIOCATALYSIS AND AGRICULTURAL BIOTECHNOLOGY , v. 35 , p. 102073 - Extrato QUALIS: A3
2020
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Gene expression studies and molecular characterization of a cathepsin L-like from the Asian citrus psyllid Diaphorina citri, vector of Huanglongbing (2020)
Artigo publicado
Autores: FERRARA, TAISE F.S.; SCHNEIDER, VANESSA K.; LIMA, PATRICIA SILVA; BRONZE, FELLIPE S.; MACHADO, MARCELO F.M.; HENRIQUE-SILVA, FLAVIO; Soares-Costa, Andrea; Adriana Karaoglanovic Carmona
Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 158 , p. 375 - Extrato QUALIS: A1
-
CPP-Ala-Ala-Tyr-PABA inhibitor analogs with improved selectivity for neurolysin or thimet oligopeptidase (2020)
Artigo publicado
Autores: Fernanda Montiel Dalio; Machado, Maurício F.M.; MARCONDES, MARCELO F.; JULIANO, MARIA A.; Jair Ribeiro Chagas; CUNHA, RODRIGO L.O.R.; Oliveira, Vitor
Fonte: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS , v. 522 , p. 368 - Extrato QUALIS: A2
2018
-
-
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Plasmodium falciparum histidine triad protein and calmodulin modulates calcium homeostasis and intracellular proteolysis (2018)
Artigo publicado
Autores: GOMES SMAUL, MAYRIM MACHADO; CARMONA, ADRIANA KARAOGLANOVIC; Marcos Leoni Gazarini Dutra; BUDU, ALEXANDRE; MONTAGNA, GEORGINA NURI; FERNANDA DA SILVA FERRARA, TAÍSE; EL CHAMY MALUF, SARAH; Bagnaresi, Piero; FERREIRA MACHADO, MARCELO MARCONDES; BRONZE DOS SANTOS, FELLIPE; FERREIRA DE AZEVEDO, MAURO
Fonte: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS , v. 503 , p. 722 - Extrato QUALIS: A2
-
Genetic and biochemical characterization of GES-16, a new GES-type β-lactamase with carbapenemase activity in Serratia marcescens (2018)
Artigo publicado
Autores: STRELING, ANA PAULA; BARBOSA, PAULA P.; MARCONDES, MARCELO F.; NICOLETTI, ADRIANA G.; PICÃO, RENATA C.; PINTO, ELISA C.; MARQUES, ELIZABETH A.; OLIVEIRA, VITOR; Ana Cristina Gales
Fonte: DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE , v. 92 , p. 147 - Extrato QUALIS: A4
2017
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Processing of metacaspase 2 from Trypanosoma brucei (TbMCA2) broadens its substrate specificity (2017)
Artigo publicado
Autores: GILIO, JOYCE M.; Marcondes, Marcelo F.; FERRARI, DÉBORA; Juliano, Maria A.; Luiz Juliano Neto; Oliveira, Vitor; Machado, Maurício F.M.
Fonte: BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS , v. 1865 , p. 388 - Extrato QUALIS: A2
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On the efficient bio-incorporation of 5-hydroxy-tryptophan in recombinant proteins expressed in Escherichia coli with T7 RNA polymerase-based vectors (2017)
Artigo publicado
Autores: OLIVEIRA-SOUZA, WELLINGTON P.; BRONZE, FELLIPE; BROOS, JAAP; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Oliveira, Vitor
Fonte: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS , v. 492 , p. 343 - Extrato QUALIS: A2
2016
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PnPP-19, a spider toxin analogue, induces peripheral antinociception through opioid and cannabinoid receptors and inhibition of Neutral endopeptidase (2016)
Artigo publicado
Autores: FREITAS, A C N; PACHECO, D F; MACHADO, M F M; Adriana Karaoglanovic Carmona; DUARTE, I D G; DE LIMA, M E
Fonte: British Journal of Pharmacology , v. 173 , p. n/a - Extrato QUALIS: A1
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Development of Chemically Defined Media to Express Trp-Analog-Labeled Proteins in a Lactococcus lactis Trp Auxotroph (2016)
Artigo publicado
Autores: SHAO, JINFENG; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Oliveira, Vitor; BROOS, JAAP
Fonte: Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology (Basel. Print) , v. 26 , p. 269 - Extrato QUALIS: B2
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Reply to -Mobilization of bla BKC-1 by IS Kpn23 ?- (2016)
Artigo publicado
Autores: NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI; MARCONDES, MARCELO F. M.; MARTINS, WILLAMES M. B. S.; ALMEIDA, LUIZ G. P.; NICOLÁS, MARISA F.; VASCONCELOS, ANA T. R.; OLIVEIRA, VITOR; Ana Cristina Gales
Fonte: Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print) , v. 60 , p. 5105 - Extrato QUALIS: A1
2015
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Substrate specificity of mitochondrial intermediate peptidase analysed by a support-bound peptide library (2015)
Artigo publicado
Autores: MARCONDES, M.F.M.; ALVES, F.M.; ASSIS, D.M.; HIRATA, I.Y.; Luiz Juliano Neto; V. Oliveira; JULIANO, M.A.
Fonte: FEBS Open Bio , v. 5 , p. 429 - Extrato QUALIS: A4
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Characterization of BKC-1 Class A Carbapenemase from Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates in Brazil (2015)
Artigo publicado
Autores: NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI; MARCONDES, MARCELO F. M.; MARTINS, WILLAMES M. B. S.; ALMEIDA, LUIZ G. P.; NICOLÁS, MARISA F.; VASCONCELOS, ANA T. R.; OLIVEIRA, VITOR; Ana Cristina Gales
Fonte: Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print) , v. 59 , p. 5159 - Extrato QUALIS: A1
-
Intermediate Tyrosyl Radical and Amyloid Structure in Peroxide-Activated Cytoglobin (2015)
Artigo publicado
Autores: Ferreira, Juliana C.; Oliveira, Vitor; NANTES, ISELI L.; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Icimoto, Marcelo Y.; CARDOSO, THYAGO H. S.; TOFANELLO, ARYANE; PESSOTO, FELIPE S.; MIRANDA, ERICA G. A.; PRIETO, TATIANA; NASCIMENTO, OTACIRO R.
Fonte: Plos One , v. 10 , p. e0136554 - Extrato QUALIS: A1
2014
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Characterization of angiotensin I-converting enzyme from anterior gills of the mangrove crab Ucides cordatus (2014)
Artigo publicado
Autores: BERSANETTI, PATRÍCIA A.; NOGUEIRA, REGINA F.; Marcondes, Marcelo F.; Paiva, Paulo B.; Juliano, Maria A.; Juliano, Luiz; Adriana Karaoglanovic Carmona; ZANOTTO, FLAVIA P.
Fonte: International Journal of Biological Macromolecules , v. 74 , p. 304 - Extrato QUALIS: A1
2013
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Substrate specificity and the effect of calcium on Trypanosoma brucei metacaspase 2 (2013)
Artigo publicado
Autores: Machado, Maurício F.M.; Marcondes, Marcelo F.; Juliano, Maria A.; MCLUSKEY, KAREN; Mottram, Jeremy C.; MOSS, CATHERINE X.; Luiz Juliano Neto; Oliveira, Vitor
Fonte: The FEBS Journal (Print) , v. 280 , p. 2608 - Extrato QUALIS: A2
-
Recycling of the High Valence States of Heme Proteins by Cysteine Residues of Thimet-Oligopeptidase (2013)
Artigo publicado
Autores: Ferreira, Juliana C.; Icimoto, Marcelo Y.; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Oliveira, Vitor; NASCIMENTO, OTACIRO R.; NANTES, ISELI L.
Fonte: Plos One , v. 8 , p. e79102 - Extrato QUALIS: A1
2012
-
Giant Amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas): Its viscera as a source of thermostable trypsin (2012)
Artigo publicado
Autores: A C V Freitas-Júnior; Helane M S Costa; Icimoto, Marcelo Y.; Hirata, Izaura Y.; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Luiz B Carvalho Junior; Vitor Oliveira; Bezerra, Ranilson S.
Fonte: Food Chemistry , v. 133 , p. 1596 - Extrato QUALIS: A1
2011
-
Hysteretic Behavior of Proprotein Convertase 1/3 (PC1/3) (2011)
Artigo publicado
Autores: Icimoto, Marcelo Y.; Oliveira, Vitor; Barros, Nilana M.; Ferreira, Juliana C.; Marcondes, Marcelo F.; Andrade, Douglas; Machado, Mauricio F.; Juliano, Maria A.; Júdice, Wagner A.; Luiz Juliano Neto
Fonte: Plos One , v. 6 , p. e24545 - Extrato QUALIS: A1
2010
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Mitochondrial intermediate peptidase: Expression in Escherichia coli and improvement of its enzymatic activity detection with FRET substrates (2010)
Artigo publicado
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Torquato, Ricardo J.S.; Assis, Diego M.; Juliano, Maria A.; Hayashi, Mirian A.F.; Oliveira, Vitor
Fonte: Biochemical and Biophysical Research Communications (Print) , v. 391 , p. 123 - Extrato QUALIS: A2
-
Catalytic properties of thimet oligopeptidase H600A mutant (2010)
Artigo publicado
Autores: Machado, Maurício F.M.; Marcondes, Marcelo F.; Rioli, Vanessa; Ferro, Emer S.; Juliano, Maria A.; Luiz Juliano Neto; Oliveira, Vitor
Fonte: Biochemical and Biophysical Research Communications (Print) , v. 394 , p. 429 - Extrato QUALIS: A2
-
Purification, characterization and substrate specificity of a trypsin from the Amazonian fish tambaqui (Colossoma macropomum) (2010)
Artigo publicado
Autores: Marcuschi, Marina; Espósito, Talita S.; Machado, Maurício F.M.; Hirata, Izaura Y.; Marcelo Ferreira Marcondes Machado; Silva, Márcia V.; Carvalho Jr., Luiz B.; Oliveira, Vitor; Bezerra, Ranilson S.
Fonte: Biochemical and Biophysical Research Communications (Print) , v. 396 , p. 667 - Extrato QUALIS: A2
-
Kinetic characterization of the Escherichia coli oligopeptidase A (OpdA) and the role of the Tyr607 residue (2010)
Artigo publicado
Autores: Lorenzon, Ricardo Z.; Cunha, Carlos E.L.; Marcondes, Marcelo F.; Machado, Maurício F.M.; Juliano, Maria A.; Oliveira, Vitor; Travassos, Luiz R.; Paschoalin, Thaysa; Adriana Karaoglanovic Carmona
Fonte: Archives of Biochemistry and Biophysics (Print) , v. 500 , p. 131 - Extrato QUALIS: A2
Atuações
CIA Nitroquímica Brasileira S/A
-
Operador de Produção
Funcionário
1998 a 2000
Fundação Butantan
-
Técnico de laboratório
Empregaticio
2001 a 2001
Rudolf Soft Indústria Química
-
Encarregado de Produção
Empregaticio
2003 a 2005
Universidade Federal de São Paulo
-
Bolsista Recém Doutor
Bolsista recém-doutor
2012 a 2018
-
Professor Adjunto A1
Desde 2018
Universidade de Mogi das Cruzes
-
Colaborador
Desde 2023
Ensino
Orientações e supervisões
Tese de doutorado em andamento
-
Desenvolvimento de um teste imunocromatográfico para detecção de carbapenemases em enterobactérias
Infectologia
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2021
-
Elizangela de Almeida Carvalho
Seleção de inibidores da protease NS2B/NS3 do vírus Zika através de bibliotecas de peptídeos cíclicos contendo aminoácidos não-canônicos e ensaios de triagem de alto desempenho (high-throughput screening)
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2019
-
Seleção de inibidores da protease do vírus do dengue através de bibliotecas de peptídeos cíclicos e ensaios celulares
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2018
Dissertação de mestrado em andamento
-
Leticia Duarte de Jesus Arquely
Expressão e purificação da Brazilian Klebisiella Carbapenemase ? BKC-1 selvagem e mutantes, para caracterização funcional
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2023
-
Desenvolvimento Racional De Nanocorpos Sintéticos Para Reconhecimento Dos Fatores De Crescimento Fibroblástico 2 De Humanos (FGF2h) E De Crescimento Endotelial Vascular (VEGF).
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2022
-
Seleção de complexos de íons metálicos como potenciais inibidores de metalo - lactamases de interesse clínico.
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Desde 2021
Tese de doutorado concluídas
-
Caracterização genética e bioquímica da BKC-1, uma nova carbapenemase da classe A de Ambler, isolada de amostras clínicas de Klebsiella pneumoniae.
Infectologia
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2014
-
Incorporação de análogos de triptofanos volumosos em proteínas recombinantes expressas em E. coli
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2014
Dissertação de mestrado concluídas
-
Padronização De Um Teste Imunoenzimático Para Detecção Da Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase Em Isolados Clínicos
Infectologia
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2021
-
Paola Jacque De Souza Nascimento Da Silva
Caracterização Bioquímica e Estrutural da Brazilian Klebsiella Carbapenemase ? BKC-1: uma carbapenemase identificada em amostras clínicas de Klebsiella pneumoniae.
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2019
-
Ana Paula Streling de Oliveira
Caracterização Molecular e Bioquímica de Variantes de OXA-50 em isolados de Pseudomonas Aeruginosa
Infectologia
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2017
-
Pamela Jacque de Souza Nascimento da Silva
Estudo do mecanismo de ação da PgtE de Salmonella Enterica sobre os peptídeos antimicrobianos.
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2017
-
Relação de alterações conformacionais da prolil oligopeptidase com a interação com a α-sinucleína
Ciências Biológicas (Biologia Molecular)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
Universidade Federal de São Paulo
Concluído em 2017
Gestão
Pesquisa
Universidade Federal de São Paulo
-
Desenvolvimento De Um Teste Imunocromatográfico Para Detecção De Carbapenemases Em Enterobactérias
A aprovação de novos antimicrobianos para o tratamento de infecções causadas por bactérias gram-negativas produtoras de carbapenemases de classes A, C e D tem resultado a necessidade de testes laboratoriais que sejam capazes de diferenciar as distintas classes de ²-lactamases. O teste imunocromatográfico ou de fluxo lateral tem como princípio a ligação antígeno-anticorpo com um marcador de cor, normalmente um coloide, para a diferenciação de diversas substâncias, e sua utilização tem apresentado bons resultados em estudos descritos na literatura. Porém, os testes imunocromatográficos desenvolvidos para a detecção de carbapenemases se baseiam na epidemiologia de países desenvolvidos, desta forma, não se adequam completamente à realidade brasileira. Sendo assim, nosso objetivo é o desenvolvimento, padronização e validação de um teste rápido na plataforma para testes imunocromatográficos com base na epidemiologia de resistência aos antimicrobianos presentes no território nacional. Para alcançar estes objetivos selecionaremos 2 enzimas carbapenemases de interesse clínico presentes na epidemiologia brasileira, sendo elas: KPC-2 e SPM-1. Os genes destas enzimas serão confirmados e, posteriormente, clonados em um vetor de expressão. Logo após as enzimas serão expressas e purificadas. Serão produzidos anticorpos policlonais a partir da imunização de coelhos Nova Zelândia e anticorpos monoclonais a partir de camundongos da linhagem Balb/c. Os camundongos serão sacrificados para a retirada de linfonodos poplíteos e estes serão fusionados para a obtenção de hibridomas. Esses serão clonados e classificados segundo os anticorpos produzidos. Os anticorpos irão passar por processos de purificação em colunas de afinidade, e conjugado em partículas de ouro coloidal. Para a confecção da plataforma imunocromatográfica utilizaremos papéis de vidro, celulose, fibra, nitrocelulose HiFlow e a absorbing pad. Estes papéis serão tratados e sobrepostos em uma base de plástico. A padronização do teste se dará pela avaliação de diferentes parâmetros, como o volume necessário de anticorpos para apresentar positividade, a região de bloqueio e o conjugado ideal. Para a validação será utilizada diferentes cepas de enterobactérias produtoras e não produtoras de carbapenemases e a avaliação com teste-cego de amostras clínicas. Com os resultados obtidos apresentaremos um novo teste rápido laboratorial para a detecção e diferenciação de carbapenemases, baseado na epidemiologia mundial das carbapenemases produzidas por enterobactérias. Esperamos que este teste seja barato, de fácil realização e que possa ser disponibilizado para os laboratórios clínicos.
Desde 2021
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Seleção de inibidores das proteases NS2B/NS3 dos vírus Dengue e Zika através de bibliotecas de peptídeos cíclicos e ensaios de triagem de alto desempenho (
Tanto para o vírus Zika quanto para o Dengue, a protease NS2B/NS3, que é formada durante o processo de replicação desses vírus na célula hospedeira, é essencial para o processamento da denominada poli-proteína viral. Sendo que a inibição da atividade desta enzima bloqueia a replicação do vírus na célula hospedeira. Portanto, inibidores dessas proteases são potenciais fármacos antivirais. O principal objetivo desse projeto é o desenvolvimento de inibidores para a protease NS2B/NS3 do vírus Dengue assim como do vírus Zika. Nossa proposta é utilizar ensaios celulares para seleção de potenciais inibidores dessas enzimas gerados em uma biblioteca de peptídeos cíclicos. A rigidez da cadeia cíclica confere uma maior resistência a clivagem por proteases quando comparado com a mesma sequência peptídica linear, com isso, peptídeos cíclicos estão sendo apontados como protótipos de inibidores ou até mesmo como possíveis inibidores de proteases. Pretendemos utilizar uma técnica baseada nas propriedades de inteínas divididas, abreviada por SICLOPPS (Split Intein-mediated Circular Ligation Of Peptides and ProteinS), associada à randomização de códons. Essa técnica permite a geração de bibliotecas celulares de milhares de peptídeos cíclicos. Ex: uma biblioteca com 6 códons randomizados pode gerar até 64.000.000 de diferentes peptídeos cíclicos. Para seleção de um possível inibidor, deve-se acoplar a biblioteca com um ensaio celular para a seleção de clones positivos (inibidores da NS2B/NS3). Para isso, além do peptídeo cíclico, deverão também ser produzidos no interior da célula hospedeira: a protease NS2B/NS3 e um substrato dessa enzima, cujo produto seja tóxico para a célula. Quando o peptídeo cíclico (em um dos clones da biblioteca) inibir a protease impedindo a formação do produto tóxico, a célula deverá sobreviver (clones positivos). Caso o peptídeo não iniba a protease, a célula não sobreviverá (clones negativos). Após a seleção dos clones positivos, os peptídeos cíclicos correspondentes, identificados por sequenciamento de DNA, serão produzidos para testes cinéticos in vitro, para a confirmação da triagem
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado, GALES, ANA CRISTINA, Roxane Maria Fontes Piazza
Desde 2020
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Desenvolvimento de inibidores de beta-lactamases de interesse clínico.
Devido ao aparecimento de bactérias resistentes aos antibióticos atuais, o desenvolvimento de novos antibióticos permanece como um dos maiores desafios da medicina moderna. Em bacilos Gram negativos, a produção de ²-lactamases é o fator contribuinte mais importante para a aquisição de resistência aos antimicrobianos ²-lactâmicos. Os inibidores desenvolvidos para estas ²-lactamases atuam de forma conjunta com os antibióticos ²-lactâmicos, porém, tem sido observado uma diminuição na eficiência dessas terapias combinatórias, principalmente por meio da ação de variantes e novas ²-lactamases capazes de degradar também estes compostos. Este projeto tem como principal objetivo o desenvolvimento de inibidores de ²-lactamases, identificadas e isoladas de cepas patogênicas que apresentem fenótipo de resistências diferenciado, a partir de duas abordagens principais: 1) A partir de uma biblioteca peptídeos cíclicos previamente prepara através de uma técnica baseada nas propriedades de inteínas divididas, SICLOPPS (Split Intein-mediated Circular Ligation Of Peptides and ProteinS) com códons randomizados, propõe-se a realização de ensaios celulares (ensaios de triagem de alto desempenho ("high-throughput screening") para a seleção de potenciais inibidores para cada uma das ²-lactamases a serem estudadas. Esta seleção será baseada na perda da resistência bacteriana a determinado antibiótico ²-lactâmico das células (colônias) onde ocorrer a inibição da enzima (²-lactamase) por um clone de peptídeo cíclico. 2) Também será realizada a procura de novos inibidores partir do desenvolvimento racionalizado de complexos de metais de transição.
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado, OKAMOTO, DEBORA N., Vitor Marcelo Silveira Bueno Brandao de Oliveira
Desde 2020
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Oligopeptidases - estrutura e função
As enzimas responsáveis pela proteólise são as peptidases (proteases ou proteinases), que são especializadas em catalisar a hidrólise de ligações peptídicas. Entre as peptidases existem enzimas especializadas em degradar pequenos peptídeos (peptídeos contendo menos de ~30 amino ácidos), denominadas oligopeptidases. A análise das estruturas cristalográfica de algumas dessas oligopeptidases têm sido fundamental para se determinar o mecanismo responsável para a restrição quanto ao tamanho dos substratos peptídicos. Temos estudado, principalmente, 3 enzimas dessa classe: a timet oligopeptidase, a neurolisina e a prolil oligopeptidase. Essas enzimas tem importante participação no metabolismo de peptídeos intracelulares e também são secretadas por vias não convencionais, e no espaço extracelular podem atuar no metabolismo de vários peptídeos biologicamente ativos. O metabolismo de peptídeos gerados na proteólise intracelular tem implicação direta no sistema de apresentação de antígenos pela via MHC classe I, importante resposta imunológica a patógenos intracelulares. Enquanto que o metabolismo de peptídeos extracelulares tem impacto em uma série de eventos como o controle da pressão arterial, por exemplo.
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado, Vitor Marcelo Silveira Bueno Brandao de Oliveira, GALES, ANA C.
Desde 2018
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Desenvolvimento e utilização de técnicas de fluorescência para o estudo de alterações conformacionais em proteínas.
O principal objetivo do presente projeto é o desenvolvimento e aplicação de técnicas utilizando ensaios de fluorescência visando o estudo de alterações conformacionais em proteínas. Pretendemos usar como primeiro alvo a timet oligopeptidase (TOP, EC 3.4.24.15), sendo que esta enzima pode sofrer alterações conformacionais devido à interação com substratos ou inibidores. A estrutura dessa peptidase apresenta dois domínios compostos praticamente por estruturas alfa-hélice, sendo que, entre estes dois domínios forma-se um ?profundo canal? onde o sítio ativo fica localizado, e que pode se fechar ao redor do substrato durante a catálise. Análises de fluorescência resolvida no tempo têm sido amplamente utilizadas para informar a distância existente entre doador e aceptor, sendo que esta distância pode ser utilizada para demonstrar mudanças conformacionais em proteínas, utilizando-se para isso a transferência de energia entre dois cromóforos, conhecida como ?Förster resonance energy transfer? normalmente abreviada como FRET. Normalmente os estudos baseados na análise FRET, utilizam dois cromóforos diferentes, Hetero-FRET, no qual um dos compostos utilizados é um agente doador de energia, e o outro um aceptor, e a análise de fluorescência resolvida no tempo pode ser utilizada para se obter a distancia entre estes dois compostos. A incorporação sítio especifica de amino ácidos não naturais com propriedades cromóforas em proteínas têm sido amplamente desenvolvida e utilizada para a obtenção de proteínas contendo resíduos com propriedades que podem ser utilizadas para analises FRET e estudos conformacionais. Para esse objetivo pretendemos introduzir especificamente um resíduo de p-nitro fenilalanina, que será um aceptor de fluorescência do triptofano. Características inovadoras desse par doador-aceptor podem ser destacadas: o pequeno tamanho de ambos os cromóforos, minimizando possíveis interferências na estrutura da proteína e conseqüentemente na atividade enzimática; o decaimento exponencial simples do 5-FTrp; e a forte supressão da p-nitro fenilalanina sobre a fluorescência do 5-Ftrp. Uma vez que tenhamos aplicado com sucesso essa nova metodologia, principalmente em relação à incorporação sítio específica do par doador-aceptor (5-Ftrp - p-nitro fenilalanina) poderemos então estender os estudos para outras proteínas de interesse.
Autores: Marcelo Ferreira Marcondes Machado, Oliveira, Vitor
2015 a 2018
Universidade de Mogi das Cruzes
Atualização Lattes em 2023-10
Processado em 2024-07-22