Podem candidatar-se à transferência de curso estudantes regularmente matriculados na UNIFESP ou em instituições de ensino superior credenciadas pelo Ministério da Educação. O candidato pode optar pelo curso pretendido, sem indicação de série ou termos específicos. O processo de transferência de curso ocorre uma vez ao ano, na dependência de vagas ociosas, ou seja, aquelas não ocupadas em razão de desistência, transferência, desligamento, abandono, óbito ou quantidade remanescente do processo seletivo de ingresso na UNIFESP. As normas relativas ao processo são divulgadas em Edital específico e a avaliação dos candidatos é de responsabilidade das comissões dos cursos envolvidos.