Atualmente, a relação entre Universidade e Fundação de Apoio está regulamentada pela Lei nº 8.958, de 20 de dezembro de 1994 e pelo Decreto nº 7.423, de 31 de dezembro de 2010.
O apoio da Fundação nos projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico, inclusive na gestão administrativa e financeira necessária à execução desses projetos, pode ser realizado por meio da celebração de contratos ou convênios (art. 1º da Lei nº 8.958, de 20 de dezembro de 1994).
Para melhor elucidação da regulamentação existente na execução desses instrumentos, relacionamos a seguir as questões que deverão ser observadas, considerando o disposto tanto na Lei nº 8.958, de 20 de dezembro de 1994 como no Decreto nº 7.423, de 31 de dezembro de 2010: