Art. 9º Compete ao Conselho Universitário:
| I | fixar as normas e diretrizes gerais da Universidade e acompanhar e avaliar o desenvolvimento de suas atividades |
| II | aprovar emendas ao presente Estatuto com a presença de dois terços dos seus membros e com o voto da maioria absoluta dos presentes, em consonância com as normas gerais pertinentes |
| III | aprovar o Regimento Geral da Universidade |
| IV | aprovar a criação, modificação e extinção de Campus, Unidade Universitária, curso de graduação e órgão complementar |
| V | aprovar os Regimentos dos Campi e das Unidades Universitárias |
| VI | deliberar sobre normas gerais relativas ao provimento de cargos e funções docentes |
| VII | examinar e homologar as indicações feitas pelo Reitor para o provimento dos cargos de Pró-Reitor, após arguição dos indicados |
| VIII | reexaminar decisões dos Conselhos mencionados nos incisos III a IX do artigo 7º |
| IX | deliberar sobre recursos apresentados contra decisões dos Conselhos mencionados no inciso anterior |
| X | autorizar a abertura de concursos para ingresso na carreira docente, bem como para provimento dos cargos de Professor Titular, observadas as normas legais pertinentes |
| XI | deliberar sobre a distribuição do pessoal docente |
| XII | aprovar a proposta orçamentária e a prestação de contas da Universidade, após a manifestação do Conselho Curador |
| XIII | decidir sobre a alocação das verbas orçamentárias e extraorçamentárias |
| XIV | decidir sobre a abertura de créditos adicionais |
| XV | deliberar sobre a alienação do patrimônio imóvel da Universidade |
| XVI | decidir sobre a aceitação de legados e doações, quando clausulados ou de que resultem ônus |
| XVII | deliberar sobre a ampliação da estrutura física da Unifesp |
| XVIII | deliberar sobre representações contra atos do Reitor e dos Pró-Reitores |
| XIX | manifestar-se em grau de recurso sobre a aplicação da penalidade de demissão a servidores da Unifesp, observadas as normas legais pertinentes |
| XX | aprovar a criação e a concessão de títulos honoríficos e prêmios |
| XXI | implantar a Comissão Permanente do Pessoal Docente (CPPD), a Comissão Interna de Supervisão do Plano de Carreira dos Cargos Técnico-Administrativos em Educação (CIS-PCCTAE) e outras comissões permanentes ou transitórias |
| XXII | homologar a composição das Congregações, dos Conselhos de Campus e dos Conselhos Centrais |
| XXIII | praticar os demais atos que forem de sua competência por força de lei ou deste Estatuto |