O programa se estrutura em três partes:
I) Parte Geral:
- Módulo I - História do ProUni: sua criação e consolidação
- Módulo II - Os 10 anos do ProUni: dados do programa e seus impactos sociais

II) Parte Especial 1 - Estruturação e Legislação:
- Módulo III - A Lei 11.096/05 e o Decreto 5.493/05
- Módulo VI - Atual regulamentação do ProUni e seus processos

III) Parte Especial 2 - Acompanhamento e Controle Social:
- Módulo III - O acompanhamento e controle social do ProUni: a estruturação da CONAP e das COLAP
- Módulo VI - Isenção Fiscal, CEBAS e Sisprouni: aspectos técnicos e operacionais do sistema

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