A Pró-Reitoria de Planejamento iniciou sua história como Secretaria de Planejamento, unidade vinculada à Reitoria, criada em 27 de fevereiro de 2009 pela Portaria Nº 432.
Em 14 de setembro de 2011, o CONSU (Conselho Universitário) cria a Secretaria de Planejamento Acadêmico com o intuito de desenvolver estudos e propostas de continuidade do crescimento acadêmico da UNIFESP para áreas estratégicas, tanto para o desenvolvimento da própria universidade como para o desenvolvimento nacional, com projetos acadêmicos também estratégicos e inovadores.
A partir da Resolução nº 67 do CONSU, de 14 de dezembro de 2011, a Secretaria de Planejamento é transformada em Pró-Reitoria de Planejamento.
Em março de 2013 são aprovadas no CONSU as resoluções n.82 e n.83 que instauram o Conselho de Planejamento (CoPlan) e definem as atribuições e composição deste e da Pró-Reitoria de Planejamento.