A autoavaliação institucional é uma demanda interna das instituições de ensino e pesquisa, que podem, através dela, obter maior teor de governança.
É também uma obrigação institucional junto ao SINAES, Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior, que tem como ideias centrais, as de integração e de participação para a construção de um sistema de avaliação capaz de aprofundar os compromissos e responsabilidades sociais das instituições, bem como promover os valores democráticos, o respeito à diversidade, a busca da autonomia e a afirmação da identidade.
A proposta de avaliação do SINAES pretende incorporar, além da dimensão cognitiva, as perspectivas críticas das funções da Educação Superior dentro do contexto nacional e internacional. Busca a articulação de um sistema de avaliação com autonomia, que é própria dos processos educativo-emancipatórios, e as funções de regulação, que são inerentes à supervisão estatal, para o fortalecimento das funções e compromissos educativos.
A gestão estratégica de instituições públicas de ensino e pesquisa depende essencialmente do nível de qualificação de seu corpo técnico e do comprometimento deste com a missão da instituição.
Concebida como instrumento de responsabilização e de manutenção da legitimidade institucional, a geração de um sistema de avaliação na UNIFESP deve permitir elevar a capacidade sistêmica de seus componentes em reconhecer o valor de suas atividades, orientando-lhes para o futuro.
Um sistema de avaliação institucional, gerado internamente, que leve em conta os diferentes conjuntos de critérios e de atributos relevantes para a avaliação dos diferentes grupos de componentes da instituição pode auxiliar no diagnóstico, levantamento e análise dos elementos essenciais para a realização da gestão estratégica. Pode também promover continuamente a re-definição de metas para indivíduos e grupos de pesquisa e para o planejamento das atividades de assistência à saúde, à medida que evoluem a geração e difusão de diferentes conhecimentos.
Deve possibilitar às diferentes hierarquias da UNIFESP uma maior compreensão das dinâmicas de produção científica e inovação em saúde, respeitando as especificidades e servindo como instrumento para a tomada de decisão e para o aumento da reputação da instituição junto aos órgãos governamentais de financiamento à pesquisa, ao ensino e ao sistema público de saúde.