A Congregação é o órgão máximo de deliberação do Campus Guarulhos e sua composição respeitará a legislação vigente, o Regimento Geral e o Estatuto Geral da Unifesp.
De acordo com o Estatuto da Unifesp, a direção, o planejamento, a realização e a administração das atividades indissociáveis de ensino, pesquisa e extensão da Unifesp serão exercidos nos campi pelo Conselho de Campus e nas Unidades Universitárias por sua Congregação.
Como o Campus Guarulhos possui somente uma Unidade Universitária, a Escola de Filosofia, Letras e Ciências Humanas, é a Congregação que exerce as atribuições regimentais do Conselho do Campus e o Diretor e Vice-Diretor da Unidade Universitária exercerão, respectivamente, as atribuições de Diretor e Vice-Diretor Acadêmicos do Campus.