A Universidade Federal de São Paulo tem compromisso de continuar a expansão do ensino superior público, no Estado com menor porcentagem de vagas públicas por habitante, e recebeu a incumbência da Presidenta da República, em agosto de 2011 (quando anunciados 47 novos campi federais no Brasil), de implantar três novos campi. Destes, o Campus Osasco já se encontra em pleno funcionamento e, em 2014 foi aprovado por unanimidade pelo Conselho Universitário a implantação do Campus Zona Leste, em terreno desapropriado pela Prefeitura em 2013.
Ao longo de 2013 e 2014, com participação de especialistas do Brasil e do exterior, de movimentos sociais e profissionais de áreas afins, por meio de audiências públicas, seminários e workshop, formulamos a proposta de um Instituto cujo tema estratégico e aglutinador são as Cidades – cujas crises recentes (mobilidade, água e saneamento, moradia, meio ambiente, desafios da gestão integrada de metrópoles, violência, degradação dos espaços públicos, aumento das áreas de risco, desequilíbrios intraurbanos e regionais, imensas desigualdades sócio-espaciais etc) e a necessária pesquisa de soluções são hoje questões decisivas para o futuro das sociedades, com pesquisa e análise crítica, com a formação de profissionais engajados em sua transformação e a formulação de novas políticas públicas, no Brasil e no mundo.
Segundo o Plano de Desenvolvimento Institucional (2016-2020), o Instituto das Cidades tem a missão de “favorecer espaços de ensino e aprendizagem, pesquisa e extensão, de forma interdisciplinar entre formações complementares, para resolução de problemas urbanos complexos, de modo a conceber, transformar e construir cidades melhores, mais justas e sustentáveis – e tornar-se importante referência regional em redes internacionais de pesquisa em cidades” (PDI, p. 35, 2016).
O PDI ainda definiu “projetos temáticos institucionais voltados para questões de grande impacto” (PDI, p. 57, 2016); dentre eles, o de “Cidades e Desenvolvimento Sustentável” (nomenclatura atual adotada pela Pró Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa - ProPgPq), no qual o Instituto das Cidades é ator fundamental. O Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) 2021-2025, em sua página 118, assume como prioridades locais do novo campus a implementação da pactuação Unifesp-MEC de 2014, a conclusão de institucionalização do instituto (hoje finalizada) e do campus, a ampliação da diversidade dos estudantes e o diálogo entre as comunidades científicas e populares, a valorização das ciências humanas na Unifesp e o estímulo à internacionalização, e finalmente a implementação de Programa de Pós-Graduação stricto sensu.
O Projeto Político Pedagógico do Instituto das Cidades (PPP-IC) foi aprovado em sua versão final em 2016, com apoio unânime tanto nos colegiados temáticos quanto no Conselho Universitário (CONSU) da Unifesp. Nele, estão detalhados objetivos e fundamentos político-pedagógicos, de convergência de conhecimento, indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão, perfis de egressos e de docentes, percursos formativos, currículos de graduação, modelo e estrutura de administração acadêmica e de participação, processos de avaliação, entre outros aspectos que embasam esta proposta. As cidades e os assentamentos humanos constituem-se como o tema de convergência do novo Instituto.