A Secretaria de Pós-graduação está ligada à Câmara de Pós-graduação e Pesquisa e, atualmente, encontra-se aglutinada à Secretaria Integrada. Atua no atendimento das demandas acadêmicas e administrativas relativas aos Programas de Pós-graduação em relação aos discentes, docentes e ao público externo. Efetua matrículas e demais desdobramentos como: confecção de atestados, históricos, cadastro de créditos, identificação de estudantes, entre outros. Realiza procedimentos administrativos referentes aos exames de qualificação e as bancas de defesa pública, acompanha e divulga resultados das deliberações das reuniões dos colegiados dos cursos (CEPGs – Comissões de Ensino de Pós-graduação), realiza trâmites administrativos de implementação de bolsas de estudo, auxílio financeiro, aproveitamento de estudos, entre outros.
Atualmente, existem 3 (três) programas de pós-graduação stricto sensu na Escola Paulista de Política, Economia e Negócios (Eppen): o mestrado acadêmico em Economia e Desenvolvimento (PPED), o Profiap e o de Relações Internacionais
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