O processo de expansão da Unifesp iniciou-se de forma efetiva com a fundação do Campus Baixada Santista em setembro de 2004. O cronograma de sua implantação foi negociado com o Poder Executivo da cidade de Santos e dos demais municípios da Baixada Santista, com o apoio da classe política local.
O campus Baixada Santista buscou suprir a demanda pela instalação de cursos que atendessem aos interesses da região, aliando a formação de recursos humanos à pesquisa, inovação e extensão.
Atualmente é constituído por duas unidades universitárias – o Instituto de Saúde e Sociedade e o Instituto do Mar, contanto com mais de 2.000 estudantes matriculados nos nove cursos de graduação disponíveis: Fisioterapia, Psicologia, Educação Física (bacharelado – modalidade: saúde), Nutrição, Terapia Ocupacional, Serviço Social, bacharelado Interdisciplinar em Ciência e Tecnologia do Mar (BICT-Mar), Engenharia Ambiental e Engenharia de Petróleo.
Todos os demais cursos já foram avaliados pelo MEC e receberam notas 4-5 (na escala de 0 a 5), figurando entre os melhores do país de acordo com o Enade.
Em nível de pós-graduação, são desenvolvidos os 10 programas, com cerca de 350 estudantes matriculados: mestrado e doutorado Interdisciplinar em Ciências da Saúde; mestrado e doutorado em Bioprodutos e Bioprocessos; mestrado em Alimentos, Nutrição e Saúde; mestrado em Biodiversidade e Ecologia Marinha e Costeira; mestrado e doutorado em Ciências do Movimento Humano e Reabilitação; mestrado Interdisciplinar em Ciência e Tecnologia do Mar; mestrado e Serviço Social e Políticas Sociais; mestrado profissional no Ensino em Ciências da Saúde; mestrado Profissional em Saúde da Família - PROFSAÚDE; mestrado em Análise Ambiental Integrada.
O compromisso com uma formação cientificamente qualificada e socialmente referenciada fundamentou inúmeros projetos de extensão e de pesquisa que fazem do campus um dos mais produtivos da Unifesp e um dos mais ativos na captação de recursos das agências financiadoras oficiais (Finep, Fapesp, CNPq e Capes) e de instituições privadas.
Hoje, o campus – que é constituído por cinco unidades, já possui mais de 15 anos de atividade acadêmica com significativas conquistas em sua trajetória, consolidando a educação superior pública nessa importante região do Estado de São Paulo.