Colegiado superior da Escola Paulista de Política, Economia e Negócios (EPPEN) e responsável pela direção, planejamento, realização e administração das atividades indissociáveis de ensino, pesquisa e extensão.
Conforme Art. 38 do Estatuto da Unifesp, compete à Congregação:
I – a direção, o planejamento e a realização das atividades indissociáveis de ensino, pesquisa e extensão da Unidade Universitária;
II – aprovar a criação, modificação e extinção de Departamentos;
III – aprovar a constituição das bancas examinadoras dos concursos para ingresso na carreira docente, para provimento dos cargos de Professor Titular e para obtenção dos títulos de Mestre, Doutor e Livre-Docente;
IV – deliberar sobre a distribuição das vagas que forem destinadas à Unidade Universitária;
V – propor a criação de cursos de graduação, pós-graduação e extensão universitária;
VI – aprovar os nomes dos Coordenadores das Câmaras de Graduação, de Pós-Graduação e Pesquisa e de Extensão e Cultura, indicados ou eleitos nos termos definidos pela Unidade Universitária;
VII – elaborar, aprovar e alterar o regimento interno da Congregação;
VIII – aprovar o regimento interno da Unidade Universitária;
Parágrafo único. O Regimento Geral da Unifesp conterá o detalhamento das competências e poderá prever atribuições complementares à Congregação.