Desde 2014, com a criação do Centro de Antropologia e Arqueologia Forense na Universidade Federal de São Paulo (CAAF/Unifesp), os remanescentes ósseos da Vala Clandestina de Perus começaram a receber o tratamento de um trabalho forense com vistas à identificação de possíveis desaparecidos políticos da ditadura militar (1964-1988).
Essa iniciativa ocorreu por demanda e pressão dos familiares de desaparecidos políticos e em resposta à Ação Civil Pública, que corre no 3o. Tribunal Regional Federal, de responsabilização do Estado brasileiro e da Prefeitura de São Paulo pelos trabalhos de identificação humana no caso.
Por meio da criação do Grupo de Trabalho Perus (GTP), e com apoio de especialistas forenses do Brasil e do exterior, com o acompanhamento da sociedade e dos familiares de desaparecidos, em particular, a Universidade Federal de São Paulo assumiu a condição de apoio técnico. As três instituições, mediante Acordo de Cooperação Técnica (ACT), e com a coordenação da Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos Políticos (CEMDP), desenvolveram protocolos e modos de gestar o trabalho.
Em janeiro de 2018 foi confirmada a identificação dos remanescentes ósseos de Dimas Antônio Casemiro (desaparecido após ser preso pelo Doi-Codi/SP, em abril de 1971, aos 25 anos de idade). Em seguida, em dezembro de 2018, foi anunciada a identificação de Aluísio Palhano Pedreira Ferreira (desaparecido após ser preso pelo Doi-Codi/SP, em maio de 1971, aos 49 anos de idade).
A partir de janeiro de 2019, uma série de ataques e desmonte nas políticas de memória e verdade do Estado brasileiro capitaneadas pelo governo do presidente Jair Bolsonaro praticamente paralisou os trabalhos de análise no CAAF/Unifesp. Houve a contestação sobre o trabalho, a desqualificação da importância da identificação dos desaparecidos e a negação da história de violência da ditadura. Logo em abril de 2019, foi extinto o Grupo de Trabalho Perus (GTP) e, em 2022, foram encerrados os trabalhos da Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos Políticos (CEMDP).
Neste momento, foi assinado um novo Acordo de Cooperação Técnica (ACT) entre o Estado brasileiro, por meio do Ministério dos Direitos Humanos e da Cidadania, a Prefeitura de São Paulo, através da Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania, e a Universidade Federal de São Paulo, através do Centro de Antropologia e Arqueologia Forense.
A isso se soma a reconstrução da CEMDP (agosto de 2024), fortalecendo os trabalhos de busca dos desaparecidos políticos.
A partir do dia 02 de setembro de 2024, se fortalecem os trabalhos de análise dos remanescentes ósseos da Vala Clandestina de Perus com o compromisso de buscar a verdade dos fatos e contribuir para a memória daqueles que foram vítimas da violência de um Estado ditatorial.