Nível: Mestrado
Docente responsável: Gustavo Bueno Gregoracci
Departamento do docente responsável: Ciências do Mar
Freqüência mínima obrigatória: 80%
Carga horária total: 30 horas – 2 créditos
Áreas Disciplinares abrangidas: Biologia Molecular, Genética, Bioquímica e Microbiologia.
Objetivos Gerais: Alunos familiarizados com técnicas de biologia molecular poderão aprofundar seus conhecimentos com avanços recentes, principalmente relacionados às ômicas e técnicas avançadas de biologia molecular.
Ementa: Compreender a evolução metodológica em biologia molecular culminando nas ômicas. Entender tópicos avançados de genômica, epigenética e engenharia genética. Compreender metodologias e limitações de sequenciamento de nova geração e estudos epigenéticos. Aprender na prática princípios básicos de análise de genomas e metagenomas microbianos.
Conteúdo programático:
• A evolução da biologia molecular e as ômicas: Genômica como estudo de caso;
• Genômica e sequenciamento de próxima geração; Análise de genomas microbianos;
• Epigenética e métodos de estudos epigenéticos;
• Metagenômica, microbiologia ambiental; Análise de metagenomas microbianos;
• Amplificação de DNA e single cell genomics
• Engenharia genética I: expressão heteróloga de proteínas;
• Engenharia genética II: deleções knock outs;
Avaliação: Seminários e relatórios
Bibliografia Básica: Trabalhos originais publicados em revistas indexadas de circulação internacional. A maioria dos temas não consta ainda em livros didáticos de modo aprofundado.

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Nível: Mestrado
Docente responsável: Paula C. Jimenez
Departamento do docente responsável: Ciências do Mar
Freqüência mínima obrigatória: 75%
Carga horária total: 45 horas – 3 créditos
Áreas Disciplinares abrangidas: Bioensaios
Objetivos Gerais: Apresentar e discutir sobre o emprego de cultura de células animais como ferramenta de suporte à bioprospecção de moléculas bioativas e como modelo para avaliação dos efeitos biológicos celulares de bioprodutos ou contaminantes.
Ementa: A disciplina teórico-prática propõe introduzir os conceitos básicos da cultura de células animais, bem como apresentar a ampla aplicação deste modelo para avaliação dos efeitos biológicos das moléculas em estudo. Mais além, pretende-se discutir sobre a versatilidade desta ferramenta e o seu emprego na ciência básica e aplicada.
Conteúdo programático: 1. Introdução à cultura de células animais; 2. Biologia das células em cultura; 3. Equipamentos, materiais e reagentes; 3. Técnicas assépticas e esterilização; 4. Contaminação; 5. Cultura primária; 6. Linhagens celulares; 7. Caracterização; 8. Clonagem e seleção; 9. Transformação e imortalização, 10. Validação, segurança e ética; 11. Citotoxicidade; 12. Quantificação, separação e diferenciação celular; 13. Cultura de células 3D
Avaliação: Avaliação formal, seminários e relatórios de aulas práticas
Bibliografia Básica:
1. Freshney, I (Ed.). Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Techniques as Specialized Applications, 6th ed. (2010). John Wiley and Son, Hoboken, NJ, USA. 732 pp. ISBN: 9780470528129
2. Peres, CM; Cury, R (Eds.) Como Cultivar Células. (2005) Guanabara Koogan, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. 304 pp. ISBN: 8527709759
3. Alberts, B; Johnson, A; Lewis, J; Raff, M; Roberts, K; Walter, P. Biologia Molecular da Célula. 5a ed. (2010) ArtMed, Porto Alegre, RS, Brasil. 2010. 1054pp. ISBN: 9788536320663
Bibliografia Complementar:
1. Moraes, AM; Augusto, EFP; Castilho, LR. Tecnologia de Cultivo de Células Animais - de Biofármacos a Terapia Gênica. (2008). Roca, São Paulo, SP, Brasil. 528 pp. ISBN: 9788572417303
2. Skloot, R. A Vida Imortal de Henrietta Lacks. (2011). Companhia das Letras, São Paulo, S, Brasil. 464 pp. ISBN: 9788535918151

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Nível: Mestrado
Docente responsável: Gustavo Bueno Gregoracci
Departamento do docente responsável: Ciências do Mar
Freqüência mínima obrigatória: 80%
Carga horária total: 30 horas – 2 créditos
Áreas Disciplinares abrangidas: Biologia Molecular, Genética, Bioquímica e Microbiologia.
Objetivos Gerais: Este módulo pretende fornecer noções básicas sobre Biologia Molecular, abordagem tão difundida atualmente nas ciências biológicas como um todo. Serão revisados temas de biologia celular, bioquímica e genética bem como serão abordadas técnicas moleculares básicas. Atividades práticas complementarão as aulas teóricas.
Ementa: Entender a evolução das técnicas de biologia molecular e suas consequências. Rever conceitos básicos de bioquímica, biologia celular e genética, que substanciam as técnicas básicas de biologia molecular. Compreender mecanismos e empregar técnicas diversas de biologia molecular (extração de DNA, PCR, eletroforese, qPCR, transcrição reversa, sequenciamento Sanger) bem como métodos de análise de sequencias de DNA (predição de genes, BLAST, alinhamento de DNA, filogenia, desenho de primers).
Conteúdo programático:
Histórico da biologia molecular;
Estrutura e organização de ácidos nucléicos; Extração de ácidos nucleicos e eletroforese;
Replicação do DNA; Reação em cadeia da polimerase (PCR);
Elementos genéticos móveis; Clonagem de DNA;
Expressão gênica em bactérias e eucariotos; Transcrição reversa e qPCR;
Sequenciamento de genes e genomas;
Bancos de dados, anotação genômica; predição de genes e BLAST;
Alinhamento de sequências de DNA, sequências consenso, filogenias moleculares e desenho de primers;
Avaliação: Seminários e relatórios de práticas.
Bibliografia Básica:
- Trabalhos clássicos e originais publicados em revistas indexadas de circulação internacional
- A Célula. Carvalho, H. F. & Recco-Pimentel, S. M. R. Editora Manole;
- Biologia Celular e Molecular. Junqueira L. C. U. & Carneiro J. Editora Guanabara Koogan;
- Bioquímica Básica: Marzocco & Torres. Editira Guanabara Koogan, 2007;
- Bioquímica. Stryer, L., Tymoczko, J. L., Berg, J. M. Editora Guanabara Koogan;
- Genética: um Enfoque Conceitual. Pierce, B. Editora Guanabara Koogan;
- Introdução à Genética. Griffiths, A. J. F.; Carroll, S. B.; Lewontin, R. C. & Wessler, S. R. Editora Guanabara Koogan, 2009.
Bibliografia Complementar:
- Biologia Molecular da Célula. Alberts, B. e colaboradores. Editora Artmed;
- Biologia Celular e Molecular. Lodish, H. e colaboradores. Editora Artmed;
- Princípios de Bioquímica. Lehninger/Nelson/Cox.
- Bioinformática: Da Biologia à Flexibilidade Molecular. Verli, H. 2014.

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Nível: Mestrado
Docente responsável: Rodrigo Brasil Choueri
Departamento do docente responsável: Ciências do Mar
Freqüência mínima obrigatória: 75%
Carga horária total: 30 horas – 2 créditos
Áreas Disciplinares abrangidas: Ecotoxicologia, Biotecnologia, Monitoramento Ambiental
Objetivos Gerais: Apresentação e discussão sobre os diferentes enfoques para avaliação e monitoramento da qualidade ambiental de ecossistemas aquáticos no escopo da biotecnologia e metodologias para integração de dados ambientais.
Ementa: Biotecnologia e avaliação integrada da qualidade ambiental. Introdução e comportamento de contaminantes em ambientes aquáticos. Descrição das Linhas-de-Evidência clássicas: contaminação; toxicidade; estrutura de comunidades bentônicas. Apresentação dos diferentes métodos de integração. Novas tendências em métodos integrados de avaliação e monitoramento ambiental. Estudo de casos.
Conteúdo programático:
- Biotecnologia, avaliação da qualidade ambiental, monitoramento ambiental
- Poluição em ambientes aquáticos: breve histórico, conceitos de poluição e contaminação, classificação das fontes, comportamento dos contaminantes em sistemas aquáticos.
- Formas clássicas de avaliação da qualidade de ambiental de ecossistemas aquáticos: vantagens e desvantagens da avaliação dos níveis de contaminantes, avaliação da toxicidade de matrizes ambientais e avaliação de estrutura de comunidades bentônicas
- Biotecnologia e avaliação integrada: definição e justificativa, evolução dos métodos de integração, tríade de qualidade de sedimentos, diagramas de setores, matrizes de decisão, estatística multivariada.
- Outras tendências em avaliações integradas: bioacumulação, histopatologia, biomarcadores
- Estudos de casos
- Avaliação integrada de sedimentos e material dragado em sistemas portuários do Atlântico Norte (Golfo de Cádiz) e Sul (Santos e Paranaguá);
- Aula prática no laboratório de informática: cálculo da tríade de qualidade de sedimentos Análise multivariada e interpretação dos resultados;
Avaliação: Seminários
Bibliografia Básica:
Barceló, D. and Petrovic, M. (Eds.). Sustainable Management of Sediment Resources: Sediment Quality and Impact Assessment of Pollutants. Volume 1, Pages 1-333 (2007). Elsevier B.V., Amsterdan, The Netherlands. ISBN: 978-0-444-51962-7
Hoffman, D. J.; Rattner, B.A.; Burton Jr., G.A. and Cairns Jr., J. (eds.) (2003) Handbookofecotoxicology. CRC Press LLC, Boca Raton, Florida, USA. Manahan, S. E. (2000) Environmental chemistry. 7th ed. CRC Press LLC, Boca Raton, Florida, USA. Manahan, S. E. (2003) Toxicologicalchemistry and biochemistry. 3rd ed. CRC Press LLC, Boca Raton, FL, USA.
NRC (National Research Council) (1989) Contaminated Marine Sediments: Assessment and Remediation. Committee on Contaminated Marine Sediments Marine Board, Commission on Engineering and Technical Systems, NationalResearchCouncil. NationalAcademic Press, Washington DC, USA. 493 p. Disponível em: http://www.nap.edu/catalog/1412.html
NRC (National Research Council) (2003) Bioavailability of Contaminants in Soils and Sediments: Processes, Tools, and Applications. Committee on BioavailabilityofContaminants in Soils and Sediments, Water Science and Technology Board, Division on Earth and Life Studies, NationalResearchCouncil. NationalAcademic Press, Washington DC, USA. Disponível em: http://www.nap.edu/catalog/10523.html
Zagatto, P. A.; Bertoletti, E. (eds.) (2006) Ecotoxicologia Aquática: Princípios e Aplicações. Rima Editora, São Carlos-SP, Brasil. 464 p.
Bibliografia Complementar:
Abessa, D.M.S. (2002). Avaliação da qualidade de sedimentos do Sistema Estuarino de Santos, SP, Brasil. Tese de Doutorado apresentada ao Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo. São Paulo. 340p.
CETESB (2007) Aplicação da tríade na avaliação da qualidade de sedimentos em redes de monitoramento. Relatório Técnico. Disponível em http://www.cetesb.sp.gov.br/Agua/rios/publicacoes.asp
CETESB (2006) Desenvolvimento de índices biológicos para monitoramento em reservatórios do Estado de São Paulo. Relatório Técnico. Disponível em http://www.cetesb.sp.gov.br/Agua/rios/publicacoes.asp
Choueri, R.B. (2008). Armonización del protocolo de evaluación de calidad de sedimentos y materiales dragados en zonas de estuarios y portuarias del Atlántico. Tese de Doutorado apresentada ao Departamento de Química-Física da Facultad de Ciencias del Mar y Ambientales da Universidad de Cádiz. Cádiz. 241 p.
Pereira, C.D.S., Abessa, D.M.S., Bainy, A.C.D., Zaroni, L.P., Gasparro, M.R., Bicego, M.C., Taniguchi, S., Furley, T.H., Sousa, E.C.P.M., 2007. Integrated assessment of multilevel biomarker responses and chemical analysis in mussels from São Sebastião, São Paulo, Brazil. Environ. Toxicol. Chem. 26, 462–469.
Riba, I; Forja, JM; Gómez-Parra, A; DelValls, TA (2004). Sediment quality in littoral regions of the Gulf of Cádiz: a triad approach to address the influence of mining activities. Environmental Pollution, 132: 341-353.

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